接着因为朝廷用兵岭表，王祐改任襄州知州。湖湘平定，王祐调任潭州知州。召回朝廷，代理兼管吏部铨。当时左司员外郎侯陟从扬州回来，掌管铨，王祐掌管门下省，侯陟选用的官员，王祐多有驳回纠正。卢多逊与侯陟友好，侯陟因此起诉王祐，卢多逊平素憎恶王祐不依附自己，就让王祐出朝任镇国军行军司马。

太平兴国初，王祐改为河中府知府。入朝任左司员外郎，任中书舍人，充任史馆修撰。不久，任开封府知府，因为有病请求告老。太宗说王祐的文章和高洁的节操都著名，特地任命他为兵部侍郎。一个多月后去世，享年六十四岁。

当初，王祐掌管诰命，卢多逊担任学士，暗中排挤赵普，卢多逊多次讽劝王祐依附自己，王祐不听从。一天，王祐用宇文融排挤张说的事劝说卢多逊，卢多逊更加不高兴。等到赵普再次进入朝廷，卢多逊果然身败，与宇文融的事很相似，有见识的人都佩服王祐的先见之明