天授年中(691),杜景俭与徐有功、来俊臣、侯思止专门处理案件,当时人们传扬说:“遇徐、杜必生,遇来、侯必死。”他又迁任洛州司马,不久又调任凤阁侍郎,行宰相职权。武则天曾因秋季院内长出梨花一枝而问宰臣:“这是什么吉祥之兆?”诸宰臣答道:“陛下的恩德连草木都得到了(遍及草木),所以能够使梨树在秋天再度开花,即使周文王仁德遍及路边的苇草,也不能超过您啊。”杜景俭独说:“按《洪范五行传》的观点:‘阴阳不能混乱,违反了就会有灾。’《春秋》也讲:‘冬无过甚的阳气,夏无过甚的阴气,春天无凄风,秋天无苦雨。’今已到了秋天,草木落,但是忽然生出此花,混乱阴阳。臣考虑陛下布政施令,是否有亏于礼典;而且我们这些人愧居于名臣之列,本应帮助皇上依据天理来治理万物,却不能治理得和谐,这是臣子们的罪过啊。”于是行再拜礼谢罪,武则天道:“卿真宰相也!”
延载初年(694),杜景俭被凤阁侍郎周允元检举说他是李昭德的党羽,降职调秦州刺史。后又任司刑卿。圣历二年(699),又任内阁侍郎,行宰相职权。当时,契丹入侵,河北各州多攻陷。等到事已平定,河内王武懿宗将要判罪。杜景俭认为都是形势逼迫,非出本心,请全部予以宽宥。武则天竟听从了杜景俭的意见。一年多,杜景俭调任秋官尚书,因漏泄机密,贬到并州任长史。在途中病逝,追赠相州刺史