《X战警》讲述在变种人未被世人所知的时候，Charles Xavier和Erik Lensherr还没有被人称作X教授和万磁王。他们只是变种人中最早发现自己超能力的两个年轻人。他们那时也不是对手，而是非常亲密的朋友。两人以及其他几个变种人在一起工作，试图阻止末日的到来。但在这个过程中，两人之间出现了裂缝，最终，在万磁王的兄弟会与X教授率领的X战警之间，一场永恒之战开始了……

　　X战警小组：独眼龙(X战警的队长，可由两眼射出致命雷射光)、琴葛蕾(有心电感应、隔空取物，及瞬间移动的能力、潜在的凤凰之力‘能凭空飞行;释放凤凰状冲击波;使死人复生;操控时间轴等’变身凤凰之后是唯一的5级变种人，)、R暴风女(X战警的副队长，拥有控制气候的能力)与小淘气(有着经由身体接触就能吸收对方记忆与能力的特异功能)是X战警的核心人物。

　　一群由于基因突变而与生俱来神奇能力的人，在本身也具超人能力的X教授领军下，成立了一支共同维护地球和平的X战警，他们时刻准备着要为这个惧怕和排斥他们的世界而战。由于X战警表现突出，每每赢得人类的喝彩。

　　一度曾经是X教授的同事和朋友的万磁王是世界上最强大的变异人种之一。在被人类的不公正对待伤害后，他逐渐背离了社会。他认为人类不可能与基因变异人和平共处，而后者才应是世界真正的主宰者。他与邪恶的手下联合起来，决定将不惜一切手段达到他们统治世界的目的，而X战警面对强大的对手要为对他们又怕又恨的人类而战。

　　后来X战警队伍来了一位危险人物金钢狼(拥有超强的回复能力，两腕上有超合金的金钢爪)脾气暴躁，几乎不受控制的变种人，使X战警内部危机四伏，X战警让它训练新兵，并想吸收它加入自己的行列。但这是否可能?无人知道它的来历，不久，又发现它的大部分思维受外人操纵。更糟的是，又一种突变生物万磁王出现了，它能控制磁力和地球引力。它曾被人类当作怪物巡回展出，饱受屈辱。它憎恨人类，认为突变生物比人类更优秀，应该主宰人类。它和金钢狼携手为实现这一目标而不择手段。它们能被及时阻止吗?它们是否将导致人类和X战警的共同毁灭呢?

　　一位反X战警的美国参议员，极力要促成政府将这些所谓超人控管，并煽动人类与战警之间的冲突。拥有举世最强心电感应能力的X教授不愿见到冲突扩大，所以集合充满正义感的X战警，希望能藉由X战警保护人类免受邪恶战警的威胁，进而创造一个人类和变异人种友好相处的环境。X战警发现他们在尽力保卫人类之时，人类也对他们也产生了极大的恐惧，双方关系渐渐紧绷。再加上X战警得面对金钢狼一触即发的脾气，与万磁王的到处杀戮，X战警陷入了进退两难的重重危机中…