《指导意见》明确了引导部分普通本科高校向应用型转型的14项主要任务：转型高校要结合“十三五”规划编制工作，根据所服务区域、行业的发展需求，找准切入点、创新点、增长点，制定改革的时间表、路线图；加快融入区域经济社会发展，建立合作关系，使转型高校更好地与当地创新要素资源对接，与经济开发区、产业聚集区创新发展对接，与行业企业人才培养和技术创新需求对接；以服务新产业、新业态、新技术为突破口，形成一批服务产业转型升级和先进技术转移应用特色鲜明的应用技术大学、学院；建立学校、地方、行业、企业和社区共同参与的合作办学、合作治理机制；建立紧密对接产业链、创新链的专业体系，按需重组人才培养结构和流程，围绕产业链、创新链调整专业设置，形成特色专业集群；创新应用型技术技能型人才培养模式，实训实习的课时占专业教学总课时的比例达到30%以上，建立实训实习质量保障机制；深化人才培养方案和课程体系改革；加强实验实训实习基地建设；促进与中职、专科层次高职有机衔接；广泛开展面向一线技术技能人才的继续教育；深化考试招生制度改革；加强“双师双能型”教师队伍建设；提升以应用为驱动的创新能力；完善校内评价制度和信息公开制度。

在配套政策和推进机制方面，《指导意见》提出，落实省级政府统筹责任，省级改革试点方案要落实和扩大试点高校的考试招生、教师聘任聘用、教师职务（职称）评审、财务管理等方面的自主权。加快推进配套制度改革。建立高校分类体系，实行分类管理，制定应用型高校的设置标准。加大对试点高校的政策支持和经费支持