学校学科特色鲜明，科研基础坚实。现有省部级以上重点学科26个，其中国家中医药管理局重点学科12个、山西省特色重点一级学科1个。学校是国家中药现代化科技产业（山西）基地、国家国际科技合作基地、国家中医药科技合作基地，牵头组建了山西省首批“2011”重点创新基地“现代中药＆药食同用中药产业技术协同创新中心”。现有省部级以上重点实验室8个、省级科技创新团队3个。近五年，共获得科研经费2.6亿元，获得省部级以上科技奖励39项。
学校学术气氛活跃，对外交流广泛。连续多年承办商务部举办的国际针灸技术培训班，与英国、澳大利亚、新西兰、日本、韩国等20余个国家的学术机构建立良好合作关系。学校与振东集团、澳大利亚阿德莱德大学联合建立了中-澳分子中医药学研究中心，是我国第一个以国际化产学研联合模式设在西方著名综合大学的中医药联合研究中心。
学校医疗特色显著，服务能力较强。现有3所三级甲等直属附属医院，共有6个国家临床重点专科、10个国家中医药管理局重点专科。第二中医院是一所综合性中医院，中医特色突出，综合实力较强，是全国中医院中医药文化重点建设单位；第三中医院是全国仅有的两所三级甲等针灸专科医院之一，其新九针技术享誉国内外；中西医结合医院是国家中医药管理局中西医结合重点建设单位，医疗设备先进，综合实力雄厚。
站在新的历史起点上，山西中医学院正以建设有特色、高水平、应用型中医药大学为目标，秉承“求真济世”的校训，传承弘扬“艰且益坚、持重笃行”的校风，以立德树人为根本任务，以中医药学科为主体，解放思想，深化改革，强化特色，全面提升学校的综合实力和办学水平，为实现富民强晋和推动中医药事业发展做出新的更大贡献。
