学校重视科学研究对人才培养的支撑作用。现有安徽省人文社科重点研究基地“环巢湖文化与经济社会发展研究中心”1个,“新型功能材料与精细化学品研究所”、“水环境研究中心”等校级科研机构17个。公开出版学术刊物《巢湖学院学报》。近年来，教师承担省部级以上纵向科研项目106项（其中国家社科基金项目7项、国家自然科学基金项目5项、教育部人文社科项目20项），公开发表学术论文3900余篇，出版专著、编著、译著34部。获全国高校人文社会科学研究优秀成果二等奖、安徽省科技进步三等奖、安徽优秀科技工作者、安徽省高校自然科学二等奖、全国优秀古籍图书二等奖、安徽省法学会法学研究优秀成果二等奖等省级以上科研奖励20余人（项）。30余件作品入选文化部、中国美协等举办的艺术作品展，10余件作品获中国文联、中国书协等颁发的艺术奖。

学校重视开展合作教育。积极拓展、深化产学研合作教育，在与企事业单位共建教学资源、合作培养人才、合作就业、合作培养师资、合作技术研发等方面，取得了显著成效。学校以安徽省应用型本科高校联盟为依托，不断深化校际合作，实现相互之间的学分互认和资源共享。积极推进国际交流，现与韩国、美国、爱尔兰等国家及港澳台地区多个院校和教育机构建立合作关系，其中与爱尔兰、韩国和台湾地区高校互派教师和留学生。

2009年，学校在安徽省高校中率先获得“全国文明单位”。近年来，还荣获“全国精神文明建设工作先进单位”，以及安徽省“党建和思想政治工作先进高校”、“花园式学校”、“文明单位”、“文明单位标兵”、“卫生先进单位”等称号。2008-2010年连续三年评为“安徽省普通高等学校毕业生就业工作先进集体”，2011年、2012年评为“安徽省普通高等学校毕业生就业工作标兵单位”，2016年获批“安徽省普通高校大学生创新创业教育示范校”。

学校立足地方经济建设和社会发展，坚持“德学并举,知行合一”的办学理念；以改善办学条件为基础，以加强教师队伍建设为重点，深化教育教学改革，全面提高人才培养质量；培养具有社会责任感、创新精神和实践能力的高素质应用型人才，把学校建设成同类院校中有较大影响的应用型本科院校，为实现高教强省、建设美好安徽作出更大贡献。