学校坚持人才培养与科学研究为区域经济社会发展服务，围绕鄱阳湖生态经济区建设和赣南原中央苏区振兴发展目标，利用区域资源优势，结合学科自身特点，在心脑血管药理、针刺镇痛、芽囊原虫致病性的研究及尿路结石现代治疗、心脏介入和直视手术、白内障防治和微创外科等领域形成了自身特色与优势，取得了一批标志性成果，并在江西和闽西、粤北、湘东等地推广应用，产生了良好的社会效益和经济效益。近几年来，学校主持承担了多项国家自然科学基金、国家社会科学基金项目、部委项目及省、市、厅级科研课题的研究，多项研究获省部级各类奖项，有百余篇论文被SCI、EI、ISTP收录，编写著作（教材）百余部。学校主办的《赣南医学院学报》在国内外公开发行，系江西省先进科技期刊，被中国学术期刊等多个数据库全文收录，协办《NeuroscienceBulletin》、《中华医学教育杂志》和《求实》等杂志。

学校坚持“育人为本、德育为先、能力为重、全面发展”的育人观，坚持“教学立校、科研兴校、人才强校、文化铸校”的办学方略，坚持“宽口径、厚基础、重实践、求创新”的教学理念，以学科建设为龙头，在加强制度建设的同时，强化专业建设、课程建设、实验室建设和实践基地建设。以人才市场需求为导向，以人的全面发展为根本，不断深化教育教学改革，教育教学工作取得了显著成效。创新人才培养模式，独立承担国家教育体制改革试点项目——探索“五年制”乡镇及社区医务人员定向培养模式。学校办学70余年，为社会培养输送了各级医疗卫生技术人才4万余人，71.4%毕业生服务于基层医疗卫生单位并成为专业技术骨干，也有众多赣医学子成为海内外著名专家、学者和学科带头人。

学校积极开展国际、国内合作与交流。学校与美国林肯纪念大学、日本国中医学院、韩国大邱韩医大学、印度夏尔达大学和德国心脏中心（柏林）等国外院校及医疗机构建立了合作关系。2005年开始招收来华留学生，2007年开始向英国、澳大利亚、日本、韩国、印度和菲律宾等国家派遣留学生和毕业生。2007年以来，举办国家级、省级继续医学教育项目和新技术推广学习班114项（次），主办了中德医院管理论坛、中澳白内障防盲项目、全国儿童肿瘤研讨会、赣粤闽浙现代神经科学研讨会和李嘉诚扶贫医疗培训班等项目。学校有江西省住院医师规范化培训基地17个，江西省全科医师岗位培训理论和临床基地各1个，赣州市卫生管理干部培训基地1个，为医疗卫生事业发展和医疗卫生专业人才培养作出了积极贡献。