近年来，学校发挥高校科研优势，积极承担国家自然科学基金项目30余项，教育部、卫生部各类课题项目10余项，获省厅级以上科研立项600余项，申报发明专利10余项，合作参与了包括国家重大科技专项973项目在内的国家级项目10余项，发表各类论文6000余篇，出版教材、专著50余部。曾获安徽省科技进步一等奖3项，卫生部科技进步二等奖2项。学校有2所直属附属医院。第一附属医院是皖北地区规模最大的综合性医院，是卫生部首批三级甲等医院。拥有1个国家级临床重点专科，1个国家中医“十二五”重点专科，4个省级临床医学重点专科，6个省级重点培育专科，3个省高校重点学科，2个省级重点实验室，拥有安徽省首个肺癌综合诊疗中心和骨关节病综合诊疗中心。实际开放床位2400余张。第二附属医院是一所集医疗、教学、科研、预防、康复为一体的省直三级甲等医院，实际开放床位近1000张，是“全国百姓放心示范医院”、省新农合工作“优秀医院”。医院有一批省级和校级特色学科和专科，技术力量雄厚，设备先进，服务优质，深受群众信赖。医院检验科被国家卫生部临床检验中心授予“全国优秀实验室”称号。2016年，占地300余亩、3000张床位的省重点项目——第二附属医院新院将矗立在淮河岸边，为皖北千万人民的身心健康保驾护航。学校另有11所非直属附属医院，170多家教学医院、实习医院和实习基地，主要分布在北京、上海等9个省市。

学校牢牢把握“有扎实的理论基础、较强的动手能力、具有一定发展后劲”的人才培养目标定位，高度重视学生临床技能的培养，在附属医院和教学医院中稳步推行“临床学院教学模式”改革，有效破解了临床教学资源短缺难题。积极探索课堂教学和临床见习融通的“一体化”教学模式，使学生真正能够早接触临床、多接触临床和反复接触临床，达到了提高临床实践技能和人才培养质量的目的。2012—2016年，学校连续三年进入全国高等医学院校大学生临床技能竞赛总决赛，并蝉联二等奖以上奖项。在2013年首届全国医学影像专业大学生实践技能大赛中，荣获大赛团体特等奖。学校毕业生以基础理论扎实，动手能力强赢得社会的广泛赞誉，用人单位问卷调查总体满意度达100%，连续多年毕业生就业率保持在较高水平。