可是不久，随着邓小平的又一次下台，万里再次受到冲击，被剥夺了领导权，被批斗和气得患了重病，住进了北京医院
2.新中国城建的开拓者
1958年3月，万里调北京市工作，先后任中共北京市委书记处书记、北京市副市长。为了庆祝中华人民共和国成立十周年，中央政治局扩大会议决定要建设一批“国庆工程”，包括“十大建筑”：即人民大会堂、中国革命历史博物馆、中国人民革命军事博物馆、民族文化宫、民族饭店、北京火车站、北京农业展览馆、北京华侨大厦、钓鱼台国宾馆、工人体育场。这些重点工程，由总理周恩来领导，万里具体负责。
1958年9月8日，万里出席北京市国庆工程动员大会。他要求“设计、施工质量，到世纪末以至下个世纪都用得上看得过。一定要超过过去，超过我们的老祖宗，做出无愧于世界先进水平的好的设计来。”会后，根据中央指示，北京市委向各地建筑专家发出邀请信，请他们进京共同研究设计“十大建筑”。
到9月10日，分散在各地的建筑专家已齐聚北京。北京市委要求专家在5天内拿出第一稿设计方案。9月15日如期完成。到10月中旬已完成8套设计方案，送周恩来审定。周恩来最后确定了第8套方案，并经中央政治局会议讨论通过。10月底国庆建筑工程陆续开工。
万里指挥修建的十大建筑之一——人民大会堂
万里将全部精力集中在国庆工程上。根据周恩来提出的“国庆工程，必须贯彻实用、经济和在可能情况下注意美观的原则，尤其是安全问题必须切实做好。大会堂的安全问题十分重要，它的寿命要比故宫和中山堂长，起码不应少于300年”的指示，万里组织成立了大会堂结构安全小组，专门负责监督、检查结构安全工作。
经过10个月的艰苦奋战，1959年9月10日，人民大会堂正式竣工并交付使用。与此同时，其他几项“国庆工程”也陆续建成。在人民大会堂正式竣工的前一天，毛泽东视察了人民大会堂，当他看到只用10个月13天就完成了比故宫总建筑面积还大的工程，而故宫花了10多年才初步建成时，毛泽东称赞万里：“你是万里嘛！别人是日行千里，而你是日行万里。”1994年3月29日，在《万里论城市建设》一书出版之际，李瑞环为此书作序，称赞“万里同志是新中国城市建设事业的开拓者和领导者”。
