以前的高校都是按系来分，后来由于教育部要求精简机构，并且很多学校的合并和新设立了很多专业，所以就将相近的专业并在了一起，成立了学院，学院下再分系。综合性大学基本上就是学校下设学院、学院下设系。但在一些高校院和系属一个级别，但系内的专业只有一个，所以为系。
各院系的机构设置主要分为以下几块：行政管理机构，教研室，实验室和科研机构。其中以院系行政管理机构为核心，具体又分为：院长办公室，院办公室，学工组办公室，党总支办公室，院学生会。院办公室负责统筹院内的教学工作，其内负责本科生教学事务的是教学秘书；学工组负责院内的学生管理，人员包括学工组长和辅导员，院内按班级给学生配备辅导员。下面我们以中国地质大学材料科学与工程学院为例说明一下高校院系内部机构：
行政管理机构
院长室 党总支办公室
院办公室 学工组办公室
材料科学与工程技术学院分会
教研室
材料工程教研室 材料化学教研室
化学教研室 物理教研室
实验室
化学实验室 化学分析室
物理实验教学中心 材料学专业实验室
材料工艺实验室 材料物理实验室
材料显微结构实验室 材料化学实验室
研究机构
矿物岩石材料开发应用国家专业实验室
水资源与环境工程北京市重点实验室
