学校坚持以学科建设为龙头。现有江西省“十二五”高水平学科1个(生物学)，省重点一级学科1个(马克思主义理论)，省重点二级学科3个(原子分子物理、物理化学、计算机应用技术)。现有教育部高校人文社科重点研究基地1个(中国共产党革命精神与文化资源研究中心)，江西省“2011协同创新中心”1个(红色文化研究与传承应用协同创新中心)，博士后科研工作站1个(江西省生物多样性与生态工程重点实验室)，教育部网上合作研究中心分中心1个(循证医学教育部网上合作研究中心井冈山大学分中心)，省高校人文社科重点研究基地2个(井冈山研究中心[一类]、庐陵文化研究中心)，省研究生教育创新基地1个(社会工作硕士)，省软科学研究基地1个(江西省创新驱动发展战略软科学研究基地);省重点实验室2个(配位化学实验室、生物多样性与生态工程实验室)，省教育厅重点实验室1个(生态环境与资源实验室)。

学校紧紧围绕人才培养中心工作，扎实推进教学改革和人才培养模式创新，不断提高人才培养质量。现有4个国家特色专业，7个省级特色专业，7门省级精品课程，3门省级双语教学示范课程，4个省级实验教学示范中心，3个省级人才培养模式创新实验区，6个省级教学团队。现有1个国家级专业综合改革试点项目，1个国家级卓越人才教育培养计划项目，1个国家级大学生实践教学基地，20个国家级大学生创新创业项目;有4个省级专业综合改革试点项目，4个省级卓越人才教育培养计划项目，10门省级精品资源共享课，1个省级大学生创新创业园，45个省级大学生创新创业项目。学校建有各类教学实习基地290多个，有三级甲等附属医院1所。

学校高度重视科研工作，组建学科团队，打造科研平台，以项目申报立项为抓手，促进产学研结合，提升协同创新能力。自2005年以来，学校获国家社会科学基金、国家自然科学基金、国家科技支撑计划、国家重大专项四大类国家级项目共103项;获省部级科研项目349项，获省部级科研奖励19项。近五年来，全校教师共发表论文4600余篇，被SCI、EI、ISTP收录357篇，出版学术专著、教材247部。

学校主动适应经济社会发展要求，实行按大类招生，宽口径、厚基础的人才培养模式，实施学分制、本科生导师制和双学位制教学管理，推行实验班教学、与国内知名高校联合培养本科生、大学英语分级教学等教学举措，注重学生实践能力和创新能力的培养，学生综合素质不断提高。近年来，毕业生就业率高于全省平均水平，就业质量稳步提升，在硕士研究生、公务员、教师和村官等考试中考取率大幅攀升。