学校建有庐山文化研究中心、鄱阳湖生态经济研究中心、沿江产业开发研究中心、社会系统学研究中心、昌九一体双核发展研究中心、公共外交研究中心、国际农村医学教育研究中心、数控技术研究所等32个科研机构。学校大力推进“山江湖”学科建设工程，紧密围绕以庐山为地标的中华优秀传统文化、九江沿江产业开发与长江中游经济带建设、鄱阳湖生态经济区及生态文明示范区建设，形成了明显的优势和特色，产出了一批优秀研究成果。近年来，学校不断加强内涵建设，开展卓越工程师培养、卓越医生培养、科技协同创新，服务地方经济社会发展。2015年，学校获得国家自然科学基金和社会科学基金项目27项，各类科研项目经费达3000多万元。

学校现有各类实验教学中心/综合实验室28个。其中，5个省级重点实验室/工程中心，5个省级实验教学示范中心、2个省高校人文社科重点研究基地。有37个中央与地方共建基础实验室、中央与地方共建特色优势学科实验室和中央财政支持地方高校发展资金项目。现有教学科研仪器设备总值2.27亿元。建有庐山实习培训中心等校内外实习基地220余个。

学校的计算机网络覆盖全校，实现了教学科研、图书文献检索和办公管理的网络化和校园一卡通；图书馆设1个主馆和4个分馆，共藏纸质图书300万余册、电子图书200余万种。学校不断加强基础设施建设。教学楼、实验楼、图书馆、信息技术楼、田径运动场和室内体育馆、学生活动中心等分布于各个校区。

学校积极响应中央关于“大众创业，万众创新”的号召，建立了九江学院大学科技园。入园企业达70余家，并成功获批为省级大学科技园，受到省委书记强卫的赞扬与鼓励。

学校十分重视引进国外优质教育资源，借鉴国外先进的办学理念和办学模式。现已与美国、法国、英国、德国、芬兰、日本、俄罗斯、柬埔寨、新加坡、泰国、印度等10多个国家的高校及科研机构建立了稳定的合作与交流关系。现招收有来自世界各国的留学生近300人来校学习，并开展外国高校师生来校文化体验、选修课程和学术交流活动。学校积极聘请外籍教师和邀请海外专家学者来校讲学和合作研究。国际农村医学教育中心得到美国中华医学基金会（CMB）大力资助。学校作为国务院侨办华文教育基地，积极参与海外华文教师培训工作。学校积极创办海外“孔子学院”，2009年12月，学校同柬埔寨王家学院等合作建立了柬埔寨第一所孔子学院，柬埔寨孔子学院连年获国家汉办表彰。10月，学校与美国萨凡纳州立大学合作建立了萨凡纳州立大学孔子学院。学校每年选派教师赴国外进修和讲学，选拔学生赴国外学习。2015年11月和2016年4月，学校先后举办了“百年中国社会风习变迁学术研讨会”、“2015年肿瘤基因组学和生物学国际学术研讨会”和“纪念周敦颐诞辰999周年学术研讨会”，得到了国内外广泛关注与好评。