学校坚持人才培养与科学研究为区域经济社会发展服务，围绕鄱阳湖生态经济区建设和赣南原中央苏区振兴发展目标，利用区域资源优势，结合学科自身特点，在心脑血管药理、针刺镇痛、芽囊原虫致病性的研究及尿路结石现代治疗、心脏介入和直视手术、白内障防治和微创外科等领域形成了自身特色与优势，取得了一批标志性成果，并在江西和闽西、粤北、湘东等地推广应用，产生了良好的社会效益和经济效益。近几年来，学校主持承担了多项国家自然科学基金、国家社会科学基金项目、部委项目及省、市、厅级科研课题的研究，编写著作（教材）百余部，多项研究获省部级各类奖项，有百余篇论文被SCI、EI、ISTP收录，其中在国际顶尖刊物《Cell》发表论文一篇。学校主办的《赣南医学院学报》在国内外公开发行，系江西省先进科技期刊，被中国学术期刊等多个数据库全文收录，协办《NeuroscienceBulletin》、《中华医学教育杂志》和《求实》等杂志。
学校积极开展国际、国内合作与交流。学校与美国林肯纪念大学、韩国大邱韩医大学、美国北德克萨斯健康中心和德国心脏中心（柏林）等国外院校及医疗机构建立了合作关系。2005年开始招收来华留学生，2007年开始向英国、澳大利亚、日本、韩国、印度和菲律宾等国家派遣留学生和毕业生。学校积极举办各类国家级、省级医学继续教育项目和新技术推广学习班，主办了中德医院管理论坛、中澳白内障防盲项目、全国儿童肿瘤研讨会、赣粤闽浙现代神经科学研讨会和李嘉诚扶贫医疗培训班等项目。学校有江西省住院医师规范化培训基地17个，江西省全科医师岗位培训理论和临床基地各1个，赣州市卫生管理干部培训基地1个，为医疗卫生事业发展和医疗卫生专业人才培养作出了积极贡献。
70余年的办学实践蕴育形成了学校“艰苦奋斗，科学求是”的办学传统。新形势下，赣医人将秉承“立德立行，求是求新”的校训，坚持“立足江西，辐射周边，面向全国，服务基层”的办学定位，坚持“教学立校、科技兴校、人才强校、文化铸校”的办学理念，为创建规模适度、结构合理、特色鲜明的医科大学而努力奋斗。
