学院充分发挥教师、教练和科研人员的积极性，围绕本科教学和运动训练，整合科研力量，联合科技攻关，取得了丰硕成果。近年来，学院获得各级各类课题立项300多项，其中国家和地方重点立项课题120多项；获各级各类科研成果奖项400多项；发表论文1800余篇，其中核心期刊论文300多篇（SCI论文2篇）。学院出版《南京体育学院学报》社会科学版（月刊）和《南京体育学院学报》自然科学版（季刊），均为江苏省一级期刊，并被国内外十多家重要检索机构列为期刊源。

学院先后与日本、澳大利亚、美国、加拿大、俄罗斯、德国和香港、台湾等10多个国家与地区的大学和体育科研机构建立了交流协作关系。近年来，学院出访和海外来访的人数与批次逐年上升，足迹遍及40多个国家和地区。

学院多次受江苏省委、省政府记功表彰，被授予“江苏省先进集体”光荣称号，并连续多次被评为省级“文明单位”和“文明学校”,院党委多次被评为省“高校先进基层党组织”。

学院教学、训练和科研“三位一体”的办学模式和“学训研相结合促进协调发展，育人才夺金牌彰显综合效益”的办学特色，得到了中央领导、国家体育总局领导和省委省政府的充分肯定。2000年，时任中共中央政治局常委、国务院副总理李岚清同志来院视察，肯定了学院的办学模式，认为学院的办学经验对促进我国竞技体育事业持续健康发展，实现人才和金牌的双丰收具有重要的借鉴意义。

当前，学院正以本科教学工作水平评估为契机，进一步解放思想，深化教育教学改革，坚持科学发展，坚持“人才强校”、“人才强体”战略，不断提升学校的综合办学实力，力争把学院早日建成教育特色鲜明、竞技成绩优异、科研成果丰硕、服务功能突出的国内一流、国际知名的体育学院。