学校设有12个本科专业、2个六年制双学位专业和３个七年制专业(方向)。目前，在校生总数达1.3万多人，已形成从本科生到硕士生、博士生及博士后，从全日制到成人教育、留学生教育全方位、多层次的办学格局和教育体系。

学校现有在职教职工1500多人。有在职专任教师649人，有教授116人、副教授175人，有博士生导师185人、硕士生导师812人（含附属医院等）。学校拥有一批优秀的中青年骨干教师入选各类人才支持计划，有多人被评为国家教学名师或各级优秀教师，有“国家级教学团队”1个，教育部“创新团队”1个。学校是国家卫生部认可的全国进修基地和教育部批准接受留学生学习的高校之一，与南京大学、东南大学、南京农业大学一起成为江苏省高层次人才培养计划——“333工程”培训基地。2006年和2008年，学校两度被评为“江苏省师资队伍建设先进高校”。

学校现有1个省部共建国家重点实验室培育基地、4个部级重点实验室、8个省级重点实验室（工程研究中心）。“十五”期间，学校承担省级以上研究课题530项，获得国家自然科学基金课题119项，是“九五”期间的4.4倍。进入“十一五”以来，学校的科研水平快速攀升，获得国家自然科学基金项目不断实现新突破，发表的SCI论文数量及论文影响因子迅猛增长。2008年，我校获得69项国家自然科学基金项目，全校发表“SCI”论文260多篇，均创历史新高。

学校现已建成4门国家级精品课程、8门省级精品课程，有1个国家级特色专业、1个国家级特色专业建设点、4个省级特色专业，有3个省级品牌专业，建成1个国家级实验教学示范中心、5个省级实验教学示范中心、10个中央和地方财政共建高校教学实验室。有多部教材入选国家“十一五”规划教材。2004年，国家教育部对南京医科大学本科和七年制教育教学工作进行全面质量评估，结果均为“优秀”。学校的招生和就业工作受到社会各界的好评，多次被评为“江苏省毕业生就业工作先进集体”，多次获得江苏省“文明单位”、“文明学校”荣誉称号。