学校建有“现代审计发展研究中心”“金融风险管理研究中心 ”等江苏省高校哲学社会科学研究基地2个、“公共工程审计”“审计信息工程”“金融工程”和“江苏省审计大数据工程”等省级重点实验室4个。《审计与经济研究》为CSSCI来源期刊，《南京审计大学学报》为CSSCI来源期刊（扩展版）。近五年来，学校主持包括国家社科基金重大招标项目在内的国家社科基金、国家自然科学基金项目113项。2017年国家社科基金年度项目获批16项，首次跻身全国高校百强并在全国财经类高校中并列第5；省部级科研项目171项；参与了审计署重要政策和法律法规建设工作以及审计学科建设等重大理论课题的攻关。在Journal of Econometrics、《经济研究》等权威期刊发表论文163篇，在CSSCI/CSCD以上刊物发表论文1080篇，出版学术专著100余部，获得包括教育部高等学校科学研究优秀成果奖（人文社科）一等奖和江苏省哲学社会科学优秀成果一等奖在内的省部级以上科研成果奖40余项。

作为审计署和教育部合作设立的“中国政府审计奖学金”项目承办单位，以及商务部“援外高级学历学位教育计划”承办单位，招收和培养来自“一带一路”沿线国家审计专业硕士研究生；被国际内部审计师协会（IIA）认证为中国唯一的“内部审计教育伙伴”（IAEP）合作级高校，与全球伙伴高校开展学生互换、教师互聘、学分互认、科研合作；被英国特许公认会计师公会（ACCA）评为“全球培养ACCA人才最多大学”“白金级培训机构”；与最高审计机关国际组织（INTOSAI）、最高审计机关亚洲组织（ASOSAI）等国际行业组织，美国、法国等十几个国家和地区的最高审计机关建立了广泛的合作关系，美国、法国、巴西、印度、南非等30余个国家审计长受聘学校荣誉教授。五年来，教师赴境外高校及最高审计机关进行学术交流、访学培训逾800人次，参加联合国审计62人次；学生赴境外高校学习交流、参加国际会议、学科性竞赛、海外志愿者活动2000人次。

学校设立润园、泽园、澄园、沁园书院，探索书院和学院“双院制”育人模式。根据江苏省高校招生就业指导服务中心与麦可思公司合作推出的各年度《江苏省高校毕业生就业、预警和重点产业人才供应报告》，在江苏高校中，毕业生就业竞争力指数、平均月薪、毕业生愿意推荐母校的比例等指标连续多年名列前茅。江苏省教育厅发布的《江苏省研究生教育质量年度报告》(2017)显示，毕业研究生对母校满意度100%，居全省高校之首。