学校科研实力雄厚，现有国家发改委工程研究中心1个，教育部重点实验室1个，教育部工程研究中心1个，江苏省重点实验室2个，江苏省工程研究中心（工程实验室）6个，江苏省高校重点实验室4个，江苏省海洋重点实验室1个，江苏高校哲学社会科学重点研究基地1个，国家中医药管理局重点研究室4个，国家技术转移示范中心1个，是国务院和文化部首批命名的“全国古籍重点保护单位”，是中国中医药文献信息检索中心南京分中心。近年来，学校科研工作成绩显著，先后获国家科学技术进步奖二等奖2项，2016年度国家自然科学基金资助立项总数挺进全国高校百强行列，项目经费总额名列全国中医药院校第一。学校主办的中国中文核心学术期刊《南京中医药大学学报》，入选中国高校百佳科技期刊。

学校治学严谨，学术氛围浓厚，名家云集，人才辈出，是全国中医师资进修教育基地。拥有国医大师5人，双聘院士2人，“长江学者”特聘教授1人，国家杰出青年科学基金获得者5人，国务院学科评议组成员3人，国家“973计划”项目首席科学家1人，百千万工程国家级人选5人，国务院政府特殊津贴获得者53人，国家有突出贡献中青年专家1人，国家教学名师2人，全国模范教师1人，全国优秀教师6人，国家自然科学基金优秀青年基金1人，江苏省特聘教授9人，白求恩奖章获得者2人，何梁何利基金科学与技术创新奖获得者1人，形成了一支在全国中医药院校中领先的高水平教师队伍。

学校是世界卫生组织（WHO）传统医学合作中心、国家卫生部确定的国际针灸培训中心，是国家教育部批准接受和培养外国留学生及台港澳地区学生的首批高等中医药院校之一。1993年学校与澳大利亚皇家墨尔本理工大学合作开办中医学专业，首开我国与西方正规大学合作开展中医学历教育先河。学校着力通过海外孔子学院和中医中心，推动中医药海外传播。2010年6月20日，学校与澳大利亚皇家墨尔本理工大学合作建立了全球首家中医孔子学院，习近平同志出席了揭牌仪式并发表重要讲话。学校目前与世界90多个国家和地区有着广泛交流和联系，并与世界30多个国家和地区的政府、高等院校或学术团体及机构建立了友好合作关系，具有较高的国际声誉和影响力，已建成英国、瑞士和澳大利亚3个国际中医中心。

在长期的办学实践中，学校秉承“自信敬业”的校训、“团结奋进、继承创新”的校风、“仁德、仁术、仁人”的教育理念，彰显特色，追求卓越，各项事业快速发展，2015年学校以优异的成绩顺利通过本科教学工作审核评估和中医学、中药学专业认证，《2016中国大学评价》排名位居全国中医药院校之首。面向未来，学校将继续深化体制机制改革，大力实施“人才强校、质量兴校”战略，坚持特色发展，加强内涵建设，积极创建“国际著名、国内一流”的中医药大学，努力跻身于全国具有鲜明特色的高水平大学行列。