河海大学是国家首批授权授予学士、硕士和博士学位的高校之一。2012年教育部组织的学科评估中，学校水利工程学科排名第一。“工程学”“环境/生态学”学科进入 ESI世界排名前 1%，拥有1个一级学科国家重点学科（水利工程），7个二级学科国家重点学科，2个二级学科国家重点学科培育点，10个一级学科省级重点学科，46个二级学科省级重点学科； 15个博士后流动站；12个一级学科博士点，66个二级学科博士点；35个一级学科硕士点，198个二级学科硕士点；12种硕士专业学位类别，其中工程硕士专业学位涉及19个工程领域；52个本科专业。

河海大学坚持务实重行的教育传统，先后培养了近20万名毕业生。温家宝总理2005年视察学校时指出，“分布在全国各地水利战线和水电战线的技术骨干，很多都是河海大学学生。新中国的水利和水电事业的发展，是同我们这里输送的大批的人才分不开的”。学校始终坚持本科教学的基础地位，以“宽基础，强实践，重创新”为导向，大力推进本科教学工程，获国家级教学成果奖10项、省级教学成果奖64项，建有国家级实验教学示范中心3个，国家虚拟仿真实验教学中心1个，拥有国家级专业综合改革试点项目3个，国家级卓越工程师教育培养计划学科专业5个，国家特色专业建设点13个，国家精品视频公开课9门，国家精品资源共享课12门。多年来，毕业生就业率始终保持在95%以上。2005年，以优秀的成绩通过教育部本科教学工作水平评估。研究生教育规模快速发展，人才培养模式改革不断深化，培养质量持续提高，专业学位研究生综合改革走在全国前列。

河海大学发挥多学科综合优势，面向国家重大工程关键技术问题，强化科研特色和提高集成创新能力，推进协同创新，服务于国家经济建设和社会发展。学校拥有水文水资源与水利工程科学国家重点实验室和水资源高效利用与工程安全国家工程研究中心，6个国家级以及省部级重点实验室，13个国家级以及省部级工程研究中心，4个高等学校学科创新引智基地。紧密结合三峡、黄河小浪底、南水北调、西部水电开发等重大工程建设，承担了一大批国家层面重点、重大研究计划和重点、重大工程科研项目。2000年以来，获国家级科技成果奖37项，部省级科技成果奖606项。学校面向国家水安全和区域经济社会发展的战略需求，积极培育水安全与水科学国家级协同创新中心，立项建设江苏省高校协同创新中心4个。