在长期的办学实践中，东南大学坚持“育人为本”的办学理念，不断加大教学投入，深化教育教学改革，努力推进素质教育，着力培养学生的创新精神、创业意识和创新创业能力。学校在坚持“重基础、重实践、重素质”本科教育教学传统的同时，又进一步提出“卓越化、国际化、研究型”本科教育教学的新境界。东南大学是教育部“卓越工程师教育培养计划”和“国家大学生创新性实验计划”首批实施高校；是首批国家级创新创业教育改革示范高校；是教育部、卫生部第一批“卓越医生教育培养计划”项目试点高校之一，是拔尖创新医学人才培养模式改革试点和五年制临床医学人才培养模式改革试点学校之一。学校共有5个专业入选国家级综合改革试点项目，23个专业入选国家特色专业建设点，36门课程获首批“国家级精品资源共享课”荣誉称号；8个实验中心入选国家级实验教学示范中心及建设点，3个中心入选国家级虚拟仿真实验教学中心。52位教授当选新一届全国教学指导委员会委员，其中5位教授当选高等学校相应专业教学指导委员会主任委员。11个团队入选国家级教学创新团队。连续三届获得国家级教学成果一等奖。学校建有12个国家级人才培养模式创新实验区和12个国家级工程实践教育中心。学校建有一大批校内外实践基地，课外科技文化活动丰富多彩。每年立项各级大学生科研训练计划项目1500余项，组织参加各级各类学科竞赛90余项，并取得优异成绩。2016美国大学生数学建模竞赛国际级一等奖、第五届中国教育机器人大赛国家级特等奖、第十一届全国大学生交通科技大赛国家级一等奖。2016年全国大学生电子设计竞赛模拟电子系统设计专题邀请赛（TI杯）国家级一等奖，并获得本届竞赛最高奖“TI杯”；2016年全国大学生数学建模比赛国家级一等奖，获得本届竞赛最高奖“高教杯”。学校曾入选教育部“全国高校实践育人创新创业基地”。在“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛中，东南大学曾两次夺得总分第一、捧获“挑战杯”，是京沪两地以外唯一两次获此殊荣的高校。