合并办学20多年来，学校走过了一条“联合—合并—调整—提高”的改革发展之路。建校之初，学校走的是联合办学的道路。从1995年上半年起，学校由松散型联合转变为实质性合并。1998年，学校按学科群重组了13个二级学院。2002年之后，基于学科建设需要，学校又进行院系重组，构建了扁平化的组织体系，减少了管理层次，理顺了内部关系，提高了运行效益，为学科、专业建设创造了更为有利的发展空间。学校各项事业呈现健康快速发展态势，校党委先后被江苏省委表彰为“江苏省先进基层党组织”、被中共中央表彰为“全国先进基层党组织”，学校以优秀成绩通过教育部本科教学工作水平评估。

承传历史辉煌，谱写改革华章。已有百余年办学历史的扬州大学，锐意改革，开拓进取，为我国高等教育管理体制改革提供了有益的经验，被中央领导同志誉为“高校改革的一面旗帜”。在新的征程中，扬州大学将全面贯彻党的十八大和十八届三中、四中、五中全会精神，以马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想、科学发展观为指导，深入贯彻习近平总书记系列重要讲话精神，坚持解放思想，推进综合改革，注重以人为本，加强内涵建设，大力推进“规模大校”向“内涵强校”、“改革名校”向“质量名校”的转变，朝着“国内一流、国际知名、特色鲜明的高水平研究型大学”的目标阔步迈进！