2006年夏季起，学校主教学区迁至九龙湖校区，由此掀开东南大学发展史上崭新的一页。九龙湖校区位于江宁经济技术开发区南部，总面积3752.35亩。九龙湖校区建筑规划以东南大学的历史文脉为依据，采取公共核心教学组团与专业教学族群组团相结合的校园建筑形态，形成中西合璧、绿色开放的森林之城和活力之城。九龙湖校区已建成教学区、科研实验区、行政区、本科生生活区、研究生生活区、教师生活区、后勤保卫区等，总建筑面积约78.97万平方米。目前，学校图书馆面积6.69万平方米，藏有各类图书资料404.68万册。

今日的东南大学将秉承优良办学传统，按照“开拓创新、争先进位”的跨越式发展思路，凝心聚力，集成创新，团结奋进，坚持快速发展、特色发展、内涵发展、和谐发展，力争在2020年前后建设成为国际知名高水平研究型大学、在2035年前后跻身世界一流大学行列。