学校坚持以学科建设为龙头，不断提升科学研究水平。拥有应用经济学、工商管理、粮食安全与工程等江苏高校优势学科3个，马克思主义理论江苏省重点学科1个，统计学、食品科学与工程、软件工程等江苏省重点（培育）学科3个。获批现代服务业协同创新中心、现代粮食流通与安全协同创新中心等江苏高校协同创新中心2个。建成国家工程实验室2个，国家级国际联合研究中心1个，省重点实验室3个，省部共建工程实验室1个，省部级工程技术研究中心2个，省级重点研究基地2个，江苏高校哲学社会科学重点研究基地2个，江苏高校人文社会科学校外研究基地1个，江苏省厅局共建科研机构6个，江苏省首批中国特色社会主义理论体系研究基地1个。近年来，学校教师主持、承担省部级以上纵向课题450多项，其中国家级项目240余项。70余项研究成果获得省部级以上科研成果奖，2010年，学校科研团队参与完成的1项成果获得“国家科技进步奖”一等奖。学校出版的《产业经济研究》为全国第一本产业经济领域的专业学术期刊，入选CSSCI来源期刊。《南京财经大学学报》为中国人文社会科学核心期刊、全国优秀社科学报、江苏省一级期刊。

学校坚持为地方经济建设服务和为行业发展服务相结合，积极推动政产学研一体化。近年来，围绕国家粮食安全战略和粮食流通领域的重大问题开展持续性研究，承担了国家粮食行业发展多项重大研究课题，出版了《中国粮食发展报告》和《长三角粮食发展报告》等多部专题研究报告，开发了一批新型、高效、快速的粮油质量检测与安全评价技术、方法和产品，在粮食流通制度、机制创新和企业管理创新等方面形成了一批卓有见地的成果，并对现实经济活动起到了指导作用，粮食流通现代化指标与评估体系等多项粮食安全政策研究成果已被政府部门采纳应用。围绕江苏省发展现代服务业的重大现实需求，大力加强现代服务业理论研究、应用研发、成果推广和政策咨询，已累计引进、孵化和培育现代服务企业30多家，承担各类研究课题200多项，撰写了《江苏服务业发展报告》等专题研究报告30余篇，多篇咨询报告受到省委主要领导批示，研究成果成为政府决策和企业经营管理的重要参考依据。现代服务业科技园正式开园，首批16家现代服务业企业进驻园区。每年举办一次“南京都市圈发展论坛”，为推进南京都市圈一体化和现代化建设作出了重要贡献。