学校创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1981年，学校被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，学校更名为南京医科大学。首批中华人民共和国教育部、中华人民共和国国家卫生和计划生育委员会、江苏省人民政府三方重点共建大学。
截至2015年9月，学校拥有两个校区（五台校区和江宁校区）。在校生总数为1.3万多人，形成从本科生、研究生到博士后，从全日制到成人教育、留学生教育全方位、多层次的教育体系。学校设有两个校区（五台校区和江宁校区）。五台校区位于南京市鼓楼区五台山南麓，占地120亩，是临床教学和研究中心。江宁校区位于南京市江宁大学城，占地面积1300亩，是教学和科研中心
