2013年获得全国百篇优秀博士学位论文4篇，获全国百篇优秀博士学位论文提名奖3篇。目前，学校共获得全国百篇优秀博士学位论文20篇，全国百篇优秀博士学位论文提名奖31篇。2007年起，学校连续开展了“国家建设高水平大学公派出国留学项目”的选拔和推荐工作，共派出研究生953名，其中攻读博士学位367人。同时积极开展广泛的国内外学术交流，大力推进联合办学，与澳大利亚蒙纳士大学合作的东南大学—蒙纳士大学苏州联合研究生院是教育部批准的第一个中外联合研究生院，已正式招生386人，已毕业26人；与法国雷恩一大的合作，开辟了研究生培养和科研合作的新渠道。

东南大学以“科教兴国”为己任，从国民经济和社会发展的需要出发，积极开展基础研究、应用基础研究和重大战略高技术研究，已成为在国内外具有较大社会影响的高新技术研究和辐射的重要基地。2016年，科研经费到款16.58亿元。发明专利申请1914件，发明专利授权703件，申请PCT专利13件。SCI论文收录1790篇，位列全国高校第20位；EI收录论文1969篇，排名第13位。我校吕志涛院士牵头获得2016年度国家科技进步一等奖。2016年，以第一完成单位获得国家科技进步一等奖1项，国家自然科学二等奖1项，国家技术发明二等奖1项，国家科技进步二等奖2项。近五年来，东南大学共牵头获得国家级科技奖项18项。东南大学在近三届教育部高校人文社会科学优秀成果奖评奖中共牵头获得13项，其中一等奖1项、二等奖5项、三等奖7项。2016年东南大学共牵头获江苏省人民政府哲学社会科学优秀成果奖27项，其中一等奖4项、二等奖8项、三等奖15项。近五年来，东南大学共牵头获得国家社会科学基金73项，其中重大项目5项。

学校服务地方经济建设成效显著。江苏省内高校科技工作为江苏服务情况统计结果显示，东南大学在科技项目及团队、科技经费、科技基地、四技经费、科技成果转化及科技项目验收鉴定、专利情况、科技成果获奖等七项指标中每年均位列前茅，而且多数指标居全省高校第一。东南大学国家大学科技园作为科技成果转移转化、创新创业人才培养、高新技术企业培育和发展战略性新兴产业的平台，目前，创新创业载体达20余万平方米，在园企业300余家，毕业企业1000余家，已成功培育了以江苏金智科技股份有限公司、途牛旅游网、江苏东大集成电路系统工程技术有限公司等为代表的一批高新技术企业。2006年6月创建的东南大学学生创业中心，已构建了包括学生创业基金、创业导师、创业培训等特别服务体系，办公载体面积达8000平方米，学生创业企业80余家已入驻创业。2010年10月被教育部、科技部认定为全国首批“高校学生科技创业实习基地”，2012年10月被江苏省教育厅认定为“江苏省大学生创业示范基地”。2013年1月，东南大学国家大学科技园当选为“江苏省大学科技园联盟”首届秘书长单位。