科学研究　学校科学研究立足国际前沿，充分发挥药学、中药学学科齐全的优势，通过学科群建设，促进了学科的交叉、渗透，显著提高了科技创新能力。现有“天然药物活性组分与药效”国家重点实验室，已建成临床前创新药物研发各节点相关的国家和省部级以上重点实验室、工程技术中心、创新平台19个，并建有“药物科学研究院”，整体推进学校新药的研发工作。学校申报的“生物医药协同创新中心”、“现代中药协同创新中心”入选“江苏高校协同创新中心”。

“十一五”以来，学校主持国家及省部级纵向课题749项，在国内同等院校中承担项目数和经费数均名列前茅。其中，2010年获国家“重大新药创制”科技重大专项项目数40余项，经费资助2.15亿元，获批项目数、经费数均居全国高校之首。

服务社会能力不断提升，成立了国家药物政策与医药产业经济研究中心、连云港研究院，与多个省市区政府签订合作协议，与国内一批著名医药集团建立战略合作联盟，一大批科研成果已转化为生产力。“十一五”以来，我校共申请专利750项，获得授权发明专利409项，11个新药获得临床批文，9个新药获取国家新药证书。在核心期刊发表论文5375篇，其中3100篇论文被SCI、EI收录。获国家科技进步一等奖1项、国家科技进步二等奖3项、省部级科技进步奖27项。近十年来，我校与1000余家医药企业签订了8457项合作协议，2项技术转让单个合同经费突破1亿元。

交流合作　学校是教育部最早指定接收药学学科外国留学生、进修生、高级访问学者的基地，也是接受华侨、港澳台地区学生的定点院校之一。为世界57个国家培养博士、硕士、本科生和进修生；与23所国外和境外大学建有姊妹学校关系，与27个国家的大学和科研院所签订有校际学术交流协议；与40多个国家和地区的有关院校及科研机构建立了学术联系。2011年，诺贝尔医学和生物学奖获得者、美国著名药理学家路易.伊格纳罗受聘为我校荣誉教授，并与我校合作建立伊格纳罗工作站。2016年，学校与英国斯克莱德大学（UniversityofStrathclyde,Glasgow）合作举办药学专业本科教育项目获教育部批准。

70余年来我校培养了6万多名高素质的药学专门人才，孕育了一批药学界的名家大师，如中国科学院首批学部委员，我国中医药界的一代宗师，著名中医中药学家叶桔泉；中国工程院院士，我国化学制药、药物化学专业创建人之一，著名药物化学家彭司勋；中国科学院院士，我国生药显微鉴定的奠基人，著名生药学家徐国钧；中国科学院院士，为我国“两弹一星”研制作出重要贡献的著名有机化学家袁承业；中国工程院院士，我国医药工业现代化生产技术开发的先驱者之一，著名药物化学家沈家祥；中国科学院院士，著名植物资源与植物化学家周俊；中国工程院院士，我国中药生物技术的开拓者，著名中药生物工程专家胡之璧；成功研制出3个意义重大的创新药物的著名药物化学家谢晶曦；著名生药学家和本草学家谢宗万；我国甾体药物研发领域开拓者之一，著名药物学家廖清江；我国第一位执业药师，著名药剂学家刘国杰；我国药物分析学科的主要倡导者，著名药物分析学家安登魁等。