学校坐落于钟灵毓秀、虎踞龙蟠的古都南京，拥有仙林和汉中门两个校区。现有各类在校生20000余名，设有基础医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、药学院、经贸管理学院、护理学院、外国语学院、信息技术学院、心理学院共9所直属学院，25个本科专业，涉及医、管、理、工、经、文等6个学科门类，初步形成了以中医药为主体、中西医结合、多学科为支撑协调发展的办学格局。

学校现有3个国家重点学科、2个国家重点（培育）学科、4个江苏省高校优势学科建设工程、14个国家中医药管理局“十一五”重点学科、19个国家中医药管理局“十二五”重点学科、8个江苏省重点学科。拥有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站，25个博士点（一级学科博士学位点3个、二级学科博士学位点22个）和44个硕士点（一级学科硕士学位点5个、二级学科硕士学位点39个），博士点覆盖中医、中药、中西医结合所有二级学科，具有博士生导师自审权和主干学科专业的教授评审权。学校现有5个国家级特色专业、6门国家级精品课程、2个国家级教学团队、1个国家级人才培养模式创新实验区、2个国家级实验教学示范中心、25部国家级规划教材（主编）。现已建成22所附属医院、5所中西医结合临床医学院，各类教学及毕业实习基地逾百所。

学校科研实力雄厚，是国家科技部新药临床试验研究（GCP）中心、国家教育部中药炮制规范化及标准化工程研究中心、江苏省植物药深加工工程研究中心、江苏省海洋药物研究开发中心、江苏省中药质量控制工程技术研究中心的依托建设单位。学校现有1个江苏高校协同创新中心、1个省部共建重点实验室、1个科技部国家中药临床试验研究（GCP）中心、1个教育部工程研究中心、1个江苏省中医药研究与新药创制中心、3个国家中医药管理局重点研究室、5个江苏省重点实验室、8个国家中医药管理局三级实验室、6个省级工程研究中心（工程实验室）、2个市级工程技术研究中心、2个校级重点实验室和1个SPF级实验动物中心。学校构建形成了“一个中心、四大板块”的科技平台布局，即江苏省中医药研究与新药创制中心和南京中医药大学科技园、南京高新技术开发区中药产业园区、中国医药城中医药研究院、江苏生命科技园，加快推进“产、学、研”结合，积极为地方经济社会发展服务。