学校的人才培养涵盖了本科生教育、研究生教育、留学生教育、继续教育及干部培训等各层次，建有“国家大学生文化素质教育基地”、“国家理科基础科学研究与教学人才培养基地”、“国家生命科学与技术人才培养基地”和植物生产、动物科学类、农业生物学虚拟仿真国家级实验教学中心，是首批通过全国高校本科教学工作优秀评价的大学之一，2000年获教育部批准建立研究生院，2016年首批入选了国家卓越农林人才培养计划。

学校拥有作物学、农业资源与环境、植物保护和兽医学等4个一级学科国家重点学科，蔬菜学、农业经济管理和土地资源管理等3个二级学科国家重点学科，及食品科学国家重点培育学科，有8个学科进入江苏高校优势学科建设工程，农业科学、植物与动物学、环境生态学、生物与生物化学等4个学科领域进入ESI学科排名全球前1%。

学校建有作物遗传与种质创新国家重点实验室、国家肉品质量安全控制工程技术研究中心、国家信息农业工程技术中心、国家大豆改良中心、国家有机类肥料工程技术研究中心、农村土地资源利用与整治国家地方联合工程研究中心、绿色农药创制与应用技术国家地方联合工程研究中心等65个国家及部省级科研平台。“十一五”以来，学校科研经费达33亿元，获得国家及部省级科技成果奖100余项，其中作为第一完成单位获得国家科技进步一等奖1项、二等奖7项、技术发明奖二等奖3项。学校凭借雄厚的科研实力，主动服务社会、服务“三农”，创造了巨大的经济社会效益，多次被评为国家科教兴农先进单位。

学校国际交流日趋活跃，国际化程度不断提高，先后与30多个国家和地区的150多所高校、研究机构保持着学生联合培养、学术交流和科研合作关系。与美国加州大学戴维斯分校、英国雷丁大学、澳大利亚西澳大学、新西兰梅西大学等世界知名高校开展了“交流访学”、“本科双学位”、“本硕双学位”等数十个学生联合培养项目。学校建有“中美食品安全与质量联合研究中心”、“南京农业大学--康奈尔大学国际技术转移中心”、“猪链球菌病诊断国际参考实验室”等多个国际合作平台。2007年成为教育部“接受中国政府奖学金来华留学生院校”。2008年成为全国首批“教育援外基地”。2012年获批建设全球首个农业特色孔子学院。学校倡议发起设立了“世界农业奖”，并成功举办了两届颁奖活动。2016年，与美国加州大学戴维斯分校（UCDavis）签署协议共建“全球健康联合研究中心”（OneHealthCenter)，获科技部批准援建“中-肯作物分子生物学联合实验室”，获外交部、教育部联合批准成立“中国-东盟教育培训中心”。