进入新世纪以来，学校紧紧抓住难得的发展机遇，创造性地开展工作。在充分发挥自身的品牌、学科和人才优势的基础上，励精图治、科学发展，实现了内涵建设与外延建设的齐头并进，取得了多项具有标志性意义的成就：净月新校区建成并投入使用;成为博士学位授权单位;中医学、中药学两个一级学科在全国具有博士学位授权一级学科整体水平评估中位居第7名、第9名;成为省属重点高校;更名为长春中医药大学;中医学、中药学成为博士后流动站;教育部本科教学工作水平评估获得优秀;与省政府共建吉林省人参科学研究院;成为国家中医临床研究基地;中医学成为一级学科博士学位授权单位;任继学教授荣获“白求恩奖章”、“国医大师”、“吉林骄傲”称号;学校获得了国家中西部高校基础能力建设工程项目，跻身于国家中西部高校百强行列;学校被评为全国毕业生就业典型经验高校。

学校占地面积54.7万平方米，建筑面积41.2万平方米。主校区坐落在净月经济开发区，毗邻净月潭国家森林公园。学校现有本科专业18个，硕士学位授权点30个，一级学科博士学位授权点2个，博士后流动站2个，博士后创新工作站1个。全日制在校生10864人。校本部现有教职工990人，具有高级专业技术职务人员365人，其中正高级专业技术职务人员124人，副高级专业技术职务人员241人。享誉全国的终身教授6人;博士生导师51人，硕士生导师248人;国家“白求恩奖章”获得者1人，“国医大师”获得者2人，国家973首席科学家1人，长白山学者3人，长白山技能名师1人，国家级优秀教师4人，享受国务院特殊津贴者29人，国家及省级有突出贡献的中青年专家16人。入选教育部新世纪优秀人才计划2人;吉林省资深高级专家人、吉林省高级专家5人，优秀专业技术人才1人，教学名师奖获得者6人;被批准为省教育厅新世纪优秀人才计划4人，新世纪首席教授1人，吉林省名中医29人，吉林省第三届创业先锋1人，吉林省特等劳动模范2人。

学校现有“十一五”国家级特色专业建设点4个、省级品牌专业建设点3个，“十二五”省级特色专业8个;国家级精品资源共享课1门，国家级精品课程3门，省级精品课程23门，省级优秀课程41门，省级优秀教学团队12个;主编国家“十一五”规划教材13部、主编国家教育部“十二五”规划教材4部、主编国家“十二五”行业规划教材25部;国家级人才培养模式创新实验区1个，国家级大学生文化素质教育基地1个，省级实验教学示范中心5个;有省部级重点学科22个;有省部级以上科研平台34个，其中国家级中医临床研究基地1个，国家科技部国际科技合作基地1个，国家地方联合工程研究中心1个，国家生物产业基地医药中试平台1个，教育部省部共建重点实验室1个;省校共建吉林省人参科学研究院1个。学校教学科研仪器设备总值20581万元。馆藏图书103万册，有一批学术价值很高的珍、善本典籍。出版发行《长春中医药大学学报》《吉林中医药》等学术期刊。学校是教育部首批批准招收国外留学生的中医药院校，留学生培养涵盖本科生、研究生教育两个层次。学校广泛开展国际学术交流与合作，多次主办中医药国际学术会议，与多个国家和地区的高校与研究单位保持着长期的友好往来。