2016年4月25日，马云和蔡崇信对外宣布，将成立个人公益基金。该基金来源于他们在阿里巴巴集团拥有的期权，总体规模为阿里集团总股本的2%。这笔捐赠按现在阿里巴巴的股价，价值约为290亿元人民币。

　　2016年12月15日，浙江马云公益基金会正式成立，并于2016年4月3日作出首笔捐赠，设立了一亿元人民币的杭州师范大学马云教育基金，用于支持母校杭州师范大学的发展。

　　2016年4月10日，马云联手马化腾、沈国军、朱保国、欧亚平等人在宁波宣布成立桃花源生态保护基金会。取名‘桃花源’，是希望中国10年、20年之后能拥有更纯净的水和空气。

在马云的影响下，公益也早已延展为阿里巴巴企业文化的一部分。

　　2008年5月19日，汶川地震发生后，阿里巴巴投入2500万基金，成立青川灾后重建工作小组，持续在青川支持灾后重建。

　　2008年11月，阿里巴巴集团宣布向中国残疾人福利基金会捐款500万元人民币，用于为5·12汶川地震因灾致残的残疾人的康复培训。

　　2010年，阿里巴巴集团公开承诺，将拿出每年营收总额的千分之三，投入到阿里巴巴公益基金，由阿里巴巴集团员工和社会志愿者管理，关注焦点为水和空气。

　　2010年1月17日，阿里巴巴集团向国际红十字会捐赠人民币200万元，用于为海地地震中受难的灾民购买最稀缺的药品资源。

　　2010年4月20日，青海玉树县发生地震，阿里集团通过中国红十字会向青海玉树灾区捐赠2500万元善款，帮助灾区群众尽快度过难关。

　　2013年4月20日， 阿里巴巴集团向四川雅安地震捐款500万元，用于紧急救灾及灾后重建。

　　2016年7月，阿里巴巴公益基金会共捐赠2500万元用于救助受台风威马逊灾害影响的海南、广东、广西三省以及鲁甸地震灾区。

　　2016年2月1日，阿里集团宣布投资10亿成立香港青年企业家基金，资助香港青年创业。

　　2016年3月3日，阿里巴巴出资百亿台币在台湾设立创业投资基金。马云表示，该创业投资基金，将主要针对那些立志将台湾农产品、台湾服务、台湾创意产品卖向大陆及全世界的青年创业者和小企业。

　　2016年4月，尼泊尔特大地震发生后，阿里旗下的淘宝公益基金率先捐赠200万元人民币，用于地震灾区的紧急救援。