在辽东半岛和山东半岛抗登陆作战中，清军同样实行单纯守点、分兵把口的消极防御方针。日军在花园口登陆并向金州方向前进，严重威胁旅大侧后时，李鸿章仍令守军各守营盘。徐邦道等建议向皮子窝方向主动出击，也遭到赵怀业的反对。山东半岛作战时，戴宗骞鉴于大连湾守兵不并力陆援，旅顺诸军不据南关岭而株守营墙，均以失事的教训，建议采取虽布近局，仍扼外险，宁力战图存，勿坐以待困的积极战法，无疑是可取的;然而，李鸿章不予采纳，仍坚持其扼要埋伏地沟的消极方针，以致造成被动挨打的局面，加上守卫要塞的将领大多畏葸无能，没有与阵地共存亡的决心，因而要点也无法守住。清军消极防御的另一表现是，只注重于
　　分兵守点，没有集中必要的预备队，置于有利于对付敌之进攻的机动位置，以增强要点防御的稳固性。这种主观指导上的错误，在两次抗登陆作战中都招致了不可估量的严重损失。
　　三、军事思想落后，组织指挥笨拙，远不能适应近代作战的需要
　　随着新的作战工具的出现，军队的整个内部组织就必然改变了，各个人借以组成军队并能作为军队行动的那些关系就改变了，各个军队相互间的关系也发生了变化。①明治维新以后的日本，对军事制度逐步地进行了比较全面的改革，使之与军事技术装备的发展相适应。而经过了几十年洋务运动的清朝政府，虽然也通过购买和仿制近代武器而改善了军队装备，并多少进行了一些军制方面的改革;但由于社会制度没有任何根本性的变化，军事制度也就不可能有实质性的进步。由于同样的原因，清军军事思想因循守旧，墨守成规，因而组织指挥笨拙，远远不能适应变化了的客观形势的需要。这主要表现在以下几个方面。
　　第一，指挥不统一，不能协调陆海军之间的动作，发挥整体力量。在海陆军联合作战条件下，只有实施正确的不间断的集中统一指挥，才能在统一的战略意图下协调前敌各军的作战行动，发挥整体威力。日本军国主义一贯重视军队的建设和集中统一指挥，甲午战争前夕，又成立了直隶于天皇的战时大本营，作为海陆军的最高指挥机构，统筹和协调与战争有关的重要事宜。为了集中使用海军力量，它建立了联合舰队，并调整了海军头目，以积极主张侵华的桦山资纪为海军军令部长，接替主张舰队取守势运动的原军令部长中牟田仓之助。在战争过程中，其大本营能及时了解和分析前线军情，基本做到了从双方实际出发，实施不间断的集中统一指挥。清军则不然。由于帝后党争不已，清廷实际上没有一个真正的最高军事指挥机关，战争的组织指挥大权基本上操于李鸿章一人之手。他在慈禧的支持和庇护下，对主战派的意见和光绪帝的作战谕旨或者阳奉阴违，或者置若罔闻，迁延不办。因此，非但最高当局始终不能协调一致地统筹战争全局，制定明确的战略方针和作战计划，实施集中统一指挥，前敌各军也大多由于李鸿章的因循怠弛，漫无布置，而互不统属，往往各行其是，一盘散沙。综观中日甲午战争的全过程，清朝海军与陆军之间、陆军各部之间，都不能进行密切配合。如辽东半岛和山东半岛两次抗登陆作战中，北洋海军既未进行认真的海上侦察和巡逻，没有扰敌于上船、航渡、登陆等任何一个阶段，又未能向自己军队的濒海翼侧进行策应，配合陆军实施反登陆作战，因而迭遭失败。陆路各军的隶属关系更是紊乱。金州、旅大唇齿相依，但金州方面归奉天指挥，旅大方面由天津指挥。山东方面，全省防务由李秉衡负责，不受李鸿章的节制，而北洋所属各军又不归李秉衡指挥。前敌清军这种隶属关系上的错综复杂，势必造成作战指挥上的混乱，严重影响海陆协同和陆军各部之间的密切配合，以致为敌所乘，各个击破。