这首先是因为设计者未必真能预测水库中泥沙的沉积速率，即使有可靠的沉积物流入水库的记录，这些沉积物在水库中的沉淀率也常常很难预测。Murty 曾发现，印度的大部分多功能水库库容的年淤积损失量是建设时期假设数字的145％至875％[3].而加拿大扬子联合企业对三峡大坝淤积过程的估算是，只有当流入水库的沉积物中有90％至95％被冲带出水库时，流入和冲出水库的沉积物才能达成平衡，而这大约需要100年的时间；至于想根据一百年以后大致情况的预测来确认大坝的经济收益，则基本上靠不住。[4]在三峡大坝水库运行中最关键的问题是水库的实际管理。在每年5月1日至9月30日之间，大量富含沉淀物的水流将从水库中放出，以便避免在水库中的沉积，那么这大量的水力便不能储存于水库内以备冬季之需；更重要的是，携有沉积物的大量流水正是洪水的成因之一。大量沉积物的流入同时也意味着高水量的流入，所以三峡大坝水库设计中的洪水存贮和沉积物排放这两大功能是互相矛盾的。在三峡上游可能出现洪水的情况下，谨慎的措施应该是关闭大坝的全部或部分排水闸，这样，具有潜在威胁的洪水将可以被存在水库中，而得以遏止下游的洪水泛滥；但如果这样做，这些水流带入水库的大量沉积物就都留在库内，无法被冲刷出水库，这种在水库中沉积下来的沉淀物将淤积在河床上，以后单靠流向水闸的水力是不可能排除的。