1999年8月，热比娅因危害国家安全罪被批捕。2000年3月，乌鲁木齐中院以向境外组织非法提供国家情报罪，判处热比娅八年徒刑。服刑期间，热比娅个人提出保外就医申请，出于人道主义考虑，司法部门同意其申请。2005年3月17日热比娅出院赴美保外就医。热比娅出国前一再向政府保证，出境后绝不参与危害中国国家安全的任何活动。

然而，热比娅在保外就医后，又积极参与东突分裂中国的活动。她在世维会二大上当选为主席，并且有一些新的动作，长期的包括五十年建国计划，短期的有针对奥运的破坏计划，针对新中国60年大庆的破坏计划等。
2005年8月，中共中央政治局委员、新疆区委书记王乐泉在中国国务院新闻发布会上称，热比娅一出境就变卦了，和恐怖主义、分裂主义、极端主义的头面人物包括暴力恐怖犯罪的骨干分子一起，密谋筹划各种分裂中国的活动。同时，指使其境内子女变现所有可以变现的资产，通过各种方式转移国外，并设法为其子女在国外定居办理手续。