然而，在搜救工作中，面对水速快、水体浑浊、沉船内部已变形、舱内杂物多等危险情况，许多用于地面搜救的高科技设备作用有限，只能靠潜水员水下探摸展开作业，难度很大，基本是24小时作战，轮番下水。在不分昼夜的搜救过程中，潜水员们救出了多名幸存者。
3日上午，沉船现场初定了两种打捞方案，分别为船体切割破舱和船体扶正。
3日下午，交通运输部新闻发言人徐成光在新闻发布会上称，救援部门正在和全国各地调集的救助打捞专家讨论打捞方案，商定暂时继续采用潜水员下水搜救的方式进行搜救。
对此，有救助打捞专家表示，潜水员下水搜救为最稳妥和有效的搜救方式。无论是切割船体还是扶平沉船，前期都需要调集起重船等相关重型设备，并做大量准备工作，明确实施的过程和具体的方式方法，准备的时间比较长。同时，切割船体或扶平船只和直接下水搜救相比，是间接开辟搜救道路，并不如潜水员下水搜救更加直接。除此之外，切割船体或扶平船只都有可能对幸存者造成二次伤害，带来危险。因此，当船只发生翻转下沉事故时，首选方案是潜水员下水搜救，尽量多地找到幸存者。
为何采用船舶整体扳正起浮方案？
据专家介绍，采用船舶整体扳正起浮方案，能够尽快地全方位对所有舱室进行排查，有利于在最短时间搜寻失踪人员，最大限度保护逝者尊严。整体扶正打捞作业符合行业专业做法和国际惯例，技术较为成熟。根据专业计算和评估，目前沉船现场船舶的起吊能力已经能够满足扳正和起浮作业的需求，众全国抽调的潜水、打捞、救助、船体、船舶修造等领域的专家和技术人员将提供技术支持保障。
据央视新闻报道，3日下午，前方救援力量开始固定船体，两艘500吨级打捞船用粗钢缆穿过船身，一头固定在船头，一头固定在北岸，防止船体进一步移动。与此同时，船体的拎起工作也在进行，两艘500吨的打捞船船尾的钢索绕过船体的底部来连接，试图靠钢索的力量将船体整体拎起，这一步也叫做穿千斤。由于这一系列过程只能依靠潜水员手工完成，难度非常大。
船体切割工作于3日晚间即已正式开始。此前，船体上已经确定了三个切割点，分别是空气舱、污水井、首间舱，这三处通道比较集中，有生命生存的可能性比较大。
当晚9时左右，切割第一个点空气舱开舱了。根据现场指挥部提供的信息，救援人员在船体底部中前部切开一个55厘米×60厘米的长方形的口子，以便潜水员进入舱体探查。很遗憾没有发现幸存者，切开之后又立即把切口闭合。
4日7:20左右，切割第二个点首间舱也开舱了，遗憾的是没有发现幸存者。
4日8:00左右，救援人员在东方之星船底切割开了第三个探孔，第三个切割点污水井也被打开，截至目前也没有发现生命迹象。
与此同时，船体的扶正工作也在进行，4日上午已经在沉船的水下部分选取了8个点开始焊接系缆柱，用来栓住缠绕沉船的钢索。这一步是为了之后船体扶正做准备。