金正日在黄长烨叛逃后大骂:黄长烨是猪狗不如的叛徒。2010年4月5日朝鲜媒体对黄长烨发出威胁,声称谁也不能保障他不会出现问题。并指出黄长烨在美国演讲中抨击朝鲜政治体制,严重污辱了朝鲜的尊严。还把黄长烨指责为背叛民族的犯罪分子、精神病患者。2010年4月,韩国表示破获了朝鲜计划刺杀黄长烨的阴谋,并逮捕了两名冒充脱北者的朝鲜间谍。黄长烨生前一直被金正日派的刺客追杀,韩国对他进行人身安全的保护。
2010年10月10日,早上九点三十分许,黄长烨在汉城江南区住家被人发现在浴室浴缸内断气身亡,据警方判定为心脏麻痹原因之自然死亡。