学校坚持自主创新，科学研究能力和水平不断提升，“十二五”以来，牵头承担国家科技重大专项、国家重大科研仪器研制专项、国家重大科学研究计划项目、国家重点基础研究发展计划（973计划）项目、国家高技术发展研究计划（863计划）项目、国家科技计划支撑项目、教育部新世纪优秀人才项目、国家自然科学基金项目540余项。获各类科技成果奖励110余项，其中重庆市科学技术奖、何梁何利奖等省部级以上奖励40余项。学校独立研制的高强度聚焦超声肿瘤治疗系统（海扶刀）属世界首创，是我国第一台具有完全自主知识产权的大型医疗设备。实现产业化以来，海扶系列设备已在全国1000余家医院投入使用，出口欧盟、俄罗斯、日本、韩国、新加坡等数十个国家和地区。2011年底，学校申请的国家重大科研仪器研制专项——“球形聚焦集声系统”项目获得国家自然科学基金委员会6000万元资助,成为重庆市迄今为止所获得的最大的基础研究资助项目。

学校积极开展国内外交流合作，近年来与美国、英国、法国、日本、加拿大、澳大利亚、比利时、瑞典、新西兰、韩国、马来西亚等国家和地区的10余所高水平大学开展研究生、七年制和本专科生联合培养，以及科学研究合作。与复旦大学、华中科技大学、西南大学等国内重点大学联合培养七年制学生。

建校58年来，学校在人才培养、科学研究和医疗服务等方面取得突出成绩，为我国的医学教育和卫生事业发展，以及服务地方经济建设作出了重要贡献。今天，全体重医人团结拼搏、锐意进取、开拓创新，正在为建设学科优势突出、办学特色鲜明、国际化、开放型的高水平医科大学而努力奋斗