学校现有省部共建教育部重点实验室1个，国家中医药管理局重点研究室3个，国家中医药管理局三级实验室10个，省重点实验室3个，省普通高等学校重点实验室4个，黑龙江省校企合作工程技术中心2个，科技部中医药国际科技合作基地1个，黑龙江省中医药国际科技合作基地1个，黑龙江省科技创新平台1个。“十五”以来，获得各级各类科研课题立项2070项，其中国家“973”项目4项、“863”项目1项；获得各级各类奖励566项，其中国家技术发明二等奖1项、国家科技进步二等奖6项、高等学校科学研究优秀成果奖（自然科学类）一等奖1项、高等学校科学研究优秀成果奖（科技进步类）一等奖1项、中国中西医结合学会科学技术奖一等奖3项、中华中医药科技进步一等奖2项、黑龙江省科学技术奖（自然科学类）一等奖4项、黑龙江省科学技术奖（科技进步类）一等奖5项，黑龙江省科学技术奖（技术发明类）一等奖1项。学校培养的博士撰写的论文分别于2008年和2012年获得教育部、国务院学位委员会“全国优秀博士学位论文”。在中药血清药物化学研究、中药天然药物药效物质基础研究方面处于国际先进水平，在方剂配伍规律、针灸作用机理研究和中医药治疗内科、妇科、肾病等重大疾病的临床研究方面处于国内领先水平。

学校附属第一医院（临床医学院）为国家中医临床研究基地建设单位、国家三级甲等医院、全国示范中医医院。学校附属第二医院（针灸推拿学院）是我省首家获得国家药物临床试验机构认定的中医院，为全国首批现代化中医院建设单位。两附院有国家级重点专科18个、省级重点专科23个。

学校现有教职工3043人（校本部1169人）。其中教授、副教授及相应职称人员929名，博士研究生导师114人，硕士研究生导师375人，有41位专家享受政府特殊津贴，卫生部有突出贡献中青年专家3名，百千万人才工程国家级人选4人，国家级教学名师3名，全国先进工作者1名，巾帼建功标兵1名，全国优秀教师6名。现有长江学者讲座教授1人，龙江学者特聘教授12人。国家级教学团队3个，省级教学团队5个，省教育厅科技创新团队6个。

学校拥有省内唯一一家药物安全性评价中心，建立了黑龙江省中药材GAP研究中心；为“省医药工业校企合作专业委员会”牵头单位，与多家企业合作，成立了黑龙江中医药大学久久药业和黑龙江宝泉制药有限公司等校企联合的科技实业；建成了占地100万平方米的黑龙江中医药大学清河中药材种子种苗繁育基地，并在黑龙江省14个市、县建成中药材GAP示范基地。