学校始建于1954年，初名黑龙江省中医进修学校，后几易其名。1959年，定名为黑龙江中医学院。1996年，经国家教育部批准更名为黑龙江中医药大学。
据2016年1月学校官网信息显示，学校教学科研设备总值达2.27亿元，有超导核磁共振波谱仪、超高效液相质谱联用仪、电子显微镜（透射）、激光共聚焦扫描仪等一批大型精密仪器设备；下设11个学院、11个附属医院（9个非直属）、1个研究院、24个教学医院和62个实习基地，设有21个本科专业及13个专业方向；有教职工3184人（校本部1181人），有全日制在校生14882人，其中博士研究生262人，硕士研究生1830人，本科生9971人，专科生2595人，留学生224人
