学校现拥有1个抗肿瘤创新药物国家工程研究中心、1个教育部天然抗肿瘤药物工程研究中心、1个教育部全国重点建设职教师资培养培训基地；同时还拥有2个省级重点实验室、2个省级工程研究中心，3个省教育厅人文社会科学重点研究基地、1个省哲学社会科学重点研究基地、3个省普通高校重点实验室。

学校一直面向全国30个省、市、自治区招生。建校63年来，学校总计为社会培养了14万名各类专业人才，其中许多人已成为著名专家学者、成功企业家和优秀党政管理干部，人才培养成绩斐然。

学校有多项科研成果填补国内空白。1959年研制出中国第一台食品机械——601型饺子机。50年代末利用小球藻解决了替代食物对人体健康危害问题，效果显著。1960年，首创我国三大会计记账法之一“财产收付复式记账法”。1960年，“读、看、论、讲、做、研、写七字一条龙”教学法研究在全国文教群英会上受到表彰并予推广，光明日报于1960年5月29日对我校的教学经验进行了报道。1981年，最早提出了东北亚经济圈协作开发的学术理论。1988年研制出国内首台电脑自动加油机。1996年，建成了高校第一所金融货币博物馆，推出了一批有影响的科研成果。1999年，完成了科技部重点攻关项目“商业自动化技术集成示范工程”。2000年后，学校在应用经济学、工商管理、中药学、食品科学等领域的研究成果在全国产生了重要影响。

近5年，学校承担了国家自然科学基金项目、国家哲学社会科学基金项目、国家科技支撑计划项目、教育部项目等纵向项目812项，各类横向项目179项，申请发明专利和实用新型专利351件，授权95项。科研成果先后获得省部级以上奖励163项，出版著作361部，发表论文7617篇，被SCI、EI、ISTP收录论文1863篇。学校公开编辑出版《商业研究》、《哈尔滨商业大学学报（自然科学版）》、《哈尔滨商业大学学报（社会科学版）》等3种学术期刊，其中《商业研究》是全国中文核心期刊和中国国际影响力优秀学术期刊，《哈尔滨商业大学学报（社会科学版）》是全国高校百强社科期刊。