近年来，学校教师参加教材编写230部，其中主编教材69部；承担国家级、省部级科研课题120多项；承担省部级教育教学研究课题83项；获得省部级科学技术奖29项、省部级教学成果奖8项；发表学术论文5489篇，其中被三大检索收录论文272篇。2009年，合作获得国家技术发明二等奖1项。《牡丹江医学院学报》在国内外公开发行。

学校图书馆馆藏文献130万册，校园网“千兆（1Gbps）为主干，百兆到桌面”，运行3个校级网络应用系统（教务、网络教学、办公网）、1个学校门户网站和42个二级网站，教研室、教室、实验室终端与学校网络中心宽带互连，实现了资源共享。

学校与俄罗斯太平洋国立医科大学、美国洛克菲勒大学、美国田纳西大学、韩国建阳大学、新西兰奥克兰大学、新西兰怀卡托理工学院、英国贝德福德大学、菲律宾法蒂玛大学等国外院校建立了稳定的交流与合作关系。

学校秉承“立德立行、唯实唯新”的校训，弘扬“执着、爱校、求实、合作、创新、奉献”的牡医精神，坚持“人本、厚德、尚能、强技”的办学理念，突出“以德为先，注重人文，强化实践，服务基层”的办学特色，注重学生实践能力的培养，毕业生综合素质和适应能力不断提高，受到用人单位的欢迎，得到了社会的广泛认可。

建校以来，学校共培养医学、药学等专业毕业生5万余人，他们活跃在祖国的医药卫生战线，大部分已经成为学科带头人和业务骨干，为黑龙江省和全国医药卫生事业发展作出了重要贡献。