石河子大学坚持“以服务为宗旨，在贡献中发展”的办学理念，积极为边疆经济社会发展服务，形成了“以兵团精神育人，为屯垦戍边服务”的办学特色。学校坚持走产学研一体化道路，发挥大综合、强应用的学科优势，在“荒漠绿洲区高效农业与生态、动物遗传改良与疾病控制、新疆地方与民族高发病防治、新疆农产品高效贮藏与深加工、新疆特种植物药资源与开发、化工绿色工艺及新型材料技术、新疆特色农业生产机械化技术与装备、兵团经济社会发展”等具有区位优势和特色的研究领域取得了突破性进展。近年来，学校主持国家“973计划”项目2项、国家“863计划”课题3项、国家科技支撑计划项目6项、国家哲学社会科学重大招标项目4项、省部级以上科研项目2137项，取得科研成果300余项，获省部级以上奖励200余项，年度科研经费达1.51亿。目前，学校公开出版发行《石河子大学学报》（分自然科学版（科技核心期刊）和社会科学版）、《新疆农垦经济》、《农垦医学》、《兵团教育学院学报》五种学术刊物。