学校下设11个学院、11个附属医院（9个非直属）、1个研究院、27个教学医院和85个实习基地。设有20个本科专业及13个专业方向，涵盖医、理、文、工、管等多个学科门类。有22个学科具有博士学位授予权，28个学科具有硕士学位授予权。现有全日制在校生15151人，其中博士研究生263人，硕士研究生1547人，本科生10137人，专科生2694人，留学生510人。

学校设有中医学、中药学、中西医结合、药学4个博士后科研流动站，是国家首批第二类特色专业（中医学）建设点和国家第一类特色专业(中药学、药物制剂和针灸推拿学)建设点。中药类人才培养模式创新实验区为教育部首批人才培养模式创新实验区，中医临床人才培养模式创新试验区为黑龙江省人才培养模式创新试验区。学校有国家级重点学科4个、国家中医药管理局重点学科21个、省级重点学科11个、省领军人才梯队16个，有国家级精品课程8门，省级精品课程22门，校级精品课程52门。学校为国务院学位委员会批准的临床医学博士、硕士专业学位教育试点院校，国家药品临床研究基地，“长江学者奖励计划”设置特聘教授岗位的高等院校之一。学校教学实验中心首批确定为国家级实验教学示范中心。“十五”以来，获国家教学成果一等奖1项、二等奖5项、省级教学成果奖49项。学校获全国首届优秀高等教育研究机构称号。

学校现有省部共建教育部重点实验室1个，国家中医药管理局重点研究室3个，国家中医药管理局三级实验室10个，省重点实验室3个，省普通高等学校重点实验室4个，黑龙江省校企合作工程技术中心2个，科技部中医药国际科技合作基地1个，黑龙江省中医药国际科技合作基地1个，黑龙江省科技创新平台1个。“十五”以来，获得各级各类科研课题立项2070项，其中国家“973”项目4项、“863”项目1项；获得各级各类奖励566项，其中国家技术发明二等奖1项、国家科技进步二等奖6项、高等学校科学研究优秀成果奖（自然科学类）一等奖1项、高等学校科学研究优秀成果奖（科技进步类）一等奖1项、中国中西医结合学会科学技术奖一等奖3项、中华中医药科技进步一等奖2项、黑龙江省科学技术奖（自然科学类）一等奖4项、黑龙江省科学技术奖（科技进步类）一等奖5项，黑龙江省科学技术奖（技术发明类）一等奖1项。学校培养的博士撰写的论文分别于2008年和2012年获得教育部、国务院学位委员会“全国优秀博士学位论文”。在中药血清药物化学研究、中药天然药物药效物质基础研究方面处于国际先进水平，在方剂配伍规律、针灸作用机理研究和中医药治疗内科、妇科、肾病等重大疾病的临床研究方面处于国内领先水平。