坚持教学与科研并重。学校现有科技部国际科技合作基地、国家中医临床研究基地、河南省高校人文社会科学重点研究基地、河南省非物质文化遗产研究基地、博士后科研流动站、3个河南省高校重点实验室培育基地等大型研究平台，拥有3个国家中医药管理局重点研究室，6个国家中医药管理局三级实验室，1个河南省协同创新中心，2个河南省重点实验室，3个河南省工程技术中心，1个河南省工程实验室，1个河南省科普教育基地，1个河南省众创空间，3个河南省高校工程技术研究中心，3个河南省高校重点学科开放实验室，3个郑州市重点实验室。学校建设有6大公共科研平台，75个校级研究所（中心）和13个校级研究室。学校有分析测试中心、药效毒理实验中心、中医药分子生物实验中心、病理实验中心、动物实验中心、医学免疫学重点实验室等6大公共科研平台及中医内科重点学科开放实验室。加强了对重大疑难疾病、传染病、中医方药的理论和应用研究以及河南地道药材标准化、现代化研究，通过大量的科学研究工作已取得了可喜的成绩。

近5年来，学校共承担科研项目1942项，其中 “十二五”国家科技支撑计划、国家科技重大专项、国家重大新药创制科技专项、国家973项目、国家自然科学基金项目、国家社会科学基金项目、国家软科学等国家级项目109项，省部级项目311项，厅局级项目1522项，累计承担科研项目计划经费15341.06万元。获国家科学技术进步一等奖1项、二等奖3项，省部级科研奖励93项；获得国家授权专利347项，其中授权发明专利203项；发表学术论文10602篇，被SCI、EI、ISTP等收录1216篇；出版学术专著（译著）、教材（主编）共528部。

学校主办有《中医学报》和《河南中医》两种学术期刊，国内外公开发行，均为科技部中国科技核心期刊、中国科技论文统计源期刊，教育部中国高校优秀期刊、中国高校特色期刊，国家中医药管理局全国中医药优秀期刊，美国乌利希期刊指南收录期刊。《中医学报》还跻身中国核心学术期刊行列，连续四届被评为河南省自然科学类一级期刊、河南省高等学校优秀学报、教育部中国高校科技期刊优秀团队，并且成为美国化学文摘收录期刊、波兰《哥白尼索引》来源期刊。

学校开展国际合作与交流逾30年。目前与世界近50所大学、科研与医疗机构、企业等广泛开展了人才培养、科学研究、医疗服务、产品研发等多方面的合作与交流。通过项目带动促进中医药文化与技术引进来与走出去双向并重，形成了显著的特色和优势。