学校高度重视学位与研究生教育。现有中医学、中药学、中西医结合、药学、基础医学、临床医学、马克思主义理论等7个硕士学位授权一级学科，涵盖55个硕士学位授权学科、专业（含2个自主设置二级学科）。2003年被教育部批准为联合培养博士研究生工作单位，2006年被人事部批准为博士后科研工作站，2013年，中医学、中药学两个一级博士授权学科获得河南省和国务院学位办正式批准，2016年9月，首届博士研究生顺利招生。

学校下设3所集教学、医疗、科研为一体的直属附属医院，中医医疗、教学、科研队伍实力雄厚，具有完善的教学辅助体系。已为全省乃至全国培训各类人员1.66余万人次，促进了基层医疗卫生服务水平的提升；有国家级重点专科（专病）35个、省级重点专科20个。学校有6所非直属附属医院（洛阳正骨医院、郑州市中医院、安阳市中医院、开封市中医院、濮阳市中医院、郑州市大肠肛门病医院）和125个临床教学基地。图书馆各类图书142.5万册，中外文期刊1704种，馆藏的中医线装古籍文献尤为丰富，收藏量居全国中医药院校前列。

坚持教学与科研并重。学校现有科技部国际科技合作基地、国家中医临床研究基地、国家中医药管理局中医药国际合作基地、河南省非物质文化遗产研究基地、博士后科研流动站、拥有河南省高校人文社科重点研究基地、教育部重点实验室培育基地、3个河南省高校重点实验室培育基地、2个国家中医药管理局重点研究室、6个国家中医药管理局三级实验室、2个河南省重点实验室、3个河南省工程技术中心、1个河南省工程实验室，河南省全科医生培养基地、世界针灸联合会教育基地等大型研究平台、河南省协同创新中心，3个河南省高校工程技术研究中心，3个河南省高校重点学科开放实验室，3个郑州市重点实验室，64个校级研究所（中心）和13个校级研究室。学校有分析测试中心、药效毒理实验中心、中医药分子生物实验中心、病理实验中心、动物实验中心、医学免疫学重点实验室等6大公共科研平台及中医内科重点学科开放实验室。

近5年，学校共承担各级各类科研项目2098项，其中国家级项目115项，年均科研经费4577.97万元，其中国家科技支撑计划9项、国家“973项目”2项、国家“艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治”科技重大专项3项、国家软科学项目1项、国家科技重大新药创制专项7项、国家自然科学基金重点项目93项，省部级项目331项。获国家科学技术进步一等奖1项、国家科学技术进步二等奖2项，获省部级科研奖励74项。获国家授权专利278项，其中授权发明专利151项。发表学术论文11651篇，被SCI、EI、ISTP等收录334篇；出版学术专著（译著）、教材（主编）共483部。