学校坚持利用区域资源优势，结合学科自身特点，大力开展科学研究，为区域经济社会发展服务。现拥有海南省首个医学院士工作站1个、博士后科研工作站1个、国家临床重点建设专科4个、国家中医药管理局中医药重点学科1个、国家级教育培训基地1个、国家级考试考官培训基地2个、国家级药物临床试验专科基地7个、国家药物临床前安全评价机构实验室1个、全国科普教育基地1个、中国医学科学院联合实验室1个，以及一批省级重点学科、省级重点实验室、省级特色学科。落户学校的海南省药物安全性评价研究中心是全国45个首批获得国家GLP证书的单位，在全国10个获此认证的高校中排名第二。学校正在筹建教育部热带医学转化重点实验室、国家（海南）紧急医学救援队、香港大学热带传染病联合实验室。学校近六年来共获省级科研成果奖35项，发表论文3050篇，其中SCI等三大检索源收录459篇；主办《海南医学院学报》、《亚太热带医药杂志》（英文版）、《亚太生殖杂志》（英文版）、《急性病杂志》（英文版）等4本学术期刊，其中《海南医学院学报》在全国医学学报中影响因子排名第17位，H值排名第3位，被引频次排名第4位；目前中国唯一一本全英文版的国际性热带医药期刊《亚太热带医药杂志》已进入国际所有著名的检索数据库。

学校已运营的3所直属附属医院综合实力不断增强，目前共编制床位4500张，年门急诊量逾170万人次，年收治住院病人近10万人次；拥有国家级住院医师培训基地48个、省级专业基地2个。全科医学专业国家住培基地、全国手汗症海南诊疗基地、全省唯一的精子库、海南首家航空救援医院、海南省生物样本库等分别落户各附属医院。医院认真履行社会职责，圆满完成了博鳌亚洲论坛年会、文昌航天火箭发射、“海疆召唤-2016”海上医疗救护拉动演练、西沙群岛海上救援、护航保障等重大活动医疗保健任务，同时积极推进精准扶贫工作，组织开展了“送医送药送温暖”扶贫义诊活动。第一附属医院荣获全国“医疗扶贫贡献奖”，是海南省唯一获此殊荣的医院。

学校紧跟国家“一带一路”战略和南海战略，加强与沿线热带国家和发达国家的教育交流与合作，已面向32个国家招收来华留学生，是目前海南省本科院校开展留学生本科学历教育规模数量最多的学校；与美国犹他大学、内布拉斯加大学，英国纽卡斯尔大学，澳大利亚昆士兰科技大学，韩国全南大学，泰国纳瓦明大学，伊朗德黑兰大学，台北医学大学等十余个国家和地区的数十所著名大学建立交流与合作，开展了本科生互派、联合培养硕士、博士等领域的国际教育合作。