学校拥有国家临床重点建设专科4个、国家中医药管理局中医药重点学科1个、国家级教育培训基地1个、国家级考试考官培训基地2个、全国科普教育基地1个、国家级药物临床试验专科基地7个、国家药物临床前安全评价机构实验室1个、中国医学科学院联合实验室1个。拥有省级重点学科8个、省级重点实验室6个。近五年，教师在研项目219项，其中，国家自然科学基金128项，“973”前期1项，科技部国际合作重点项目1项，科研经费4100万元。近五年获省级科研成果奖32个，发表论文2800余篇，其中，SCI等三大检索源收录312篇。学校主办《海南医学院学报》、《亚太热带医药杂志》（英文版）和《亚太生殖杂志》（英文版）三本学术期刊。

学校拥有国家级特色专业2个、国家临床技能实验教学示范中心1个、国家教育信息化试点本科院校项目1个、教育部专业综合改革试点项目2项、教育部与卫生部卓越医生教育培养计划3项、教育部与国家中医药管理局卓越医生（中医）教育培训计划2项、国家级大学生校外实践教育基地建设项目1个，国家精品视频公开课1门。连续3届获得省级教学成果一等奖。学生荣获第二届全国高等医学院校大学生临床技能竞赛华南赛区第一名、全国总决赛二等奖、全国大学生课外学术科技作品竞赛决赛二等奖、2016年“创青春”海南省大学生创业大赛特等奖。

学校有留学生教育生源国23个。与美国犹他大学、澳大利亚昆士兰科技大学等名校开展本科学生互派、联合培养硕士、博士等国际教育合作。

在热带医学办学特色基础上，生理医学、急救与灾难医学、健康服务与管理（养生保健）、南药黎药等一批潜在的学科高峰正在形成，“十三五”期间，学校按照医科大学标准，以医学门类为主体，加强理学、管理学等学科门类建设，多学科交叉渗透、协调发展，提高人才培养质量和办学层次，努力建设具有鲜明热带特色的医科大学。