自2000年初开始，学院由政府与企业联办。联办改制以来，学院不仅在规模上实现了快速发展，而且办学条件不断改善，办学质量不断提高。从2001年起，学院在历年全省高职高专办学条件与教学质量检查中、在全省高校实验室与图书馆建设评估中，都得到省教育厅的充分肯定与表彰。2005年12月，学院接受全国高职高专人才培养工作水平评估，评定为“优秀”等级，这是海南迄今唯一获得优秀等级的专科院校。学院的计算机、公共英语等级考试通过率，包括2001年以来的大学生英语口语历次演讲比赛，学生成绩一直名列前茅。2006年5月，全省思想政治理论课公开教学比赛，我院教师王莹、陈玉书分别获得专科组第一名和第二名。2007年12月，学院接受省教育工委思想政治理论课建设评估，又被评为“优秀”等级。海南省人事劳动保障厅2003—2008年连续六年公布的学院毕业生初次就业率都在94%以上，位居全省高校之首，2006年，被评为“海南省普通高等学校毕业生就业工作评估优秀单位”。学院党委曾三次被评为“先进基层党组织”；其事迹被编入《先进性在海口》一书中。2007年4月,设在学院的“海南省第五十八职业技能鉴定所”荣获“全国优秀职业技能鉴定所”称号。可以说，历经九年的不懈努力，学院已经打下了较为厚实的办学基础，各个方面都取得了显著成绩，业已成为海南高职院校的“领头羊”，大特区高等教育改革与创新的一面旗帜。

学院秉承“科研兴校”的发展思路，制定学院科研发展规划，成立了高教研究室、经济、旅游、艺术与中华诗词音乐研究所。在海南高校中率先与省社会科学界联合会共建了旅游研究基地；各二级学院在自主创新的同时，积极与校外研究机构、产业界密切合作，形成和健全了以科研处为一体，四所一基地与院部为两翼，较为系统的、具有特色的科研组织架构，综合科研成果显著。近几年来，教师共发表学术论文1300多篇，其中在中文核心期刊和被SCI、EI发表和检索的论文91篇。出版学术专著和教材62部，自编教材52部（册）。在省厅级以上学术会议上交流论文205篇。已批准立项的省级以上研究项目65项，其中国家级课题4项，有的课题成果获国家专利。获奖著作、论文、艺术作品、多媒体课件有290部、篇（件），其中获省级一等奖以上63项；董事长曹成杰与傅治平教授合作的专著《教育中人的发现》获省社科优秀科研成果（著作类）二等奖、全国第六次高校优秀科研成果三等奖；副院长张伯敏等教授的15项科研成果获省、市政府出资的奖励。校园文化建设不断加强。学院出版有《海口经济学院学报》、《高教研究通讯》、《海口经济学院报》、《竹根泉》等报刊。在2008年全国高职高专学报年会上，学院学报荣获优秀学报一等奖。