三是确定了老城建筑高度、历史城区和历史轴线。老城内严格控制新建高层建筑，明城墙、明故宫遗址、老城南等地区新建建筑高度不得突破上限。经过多年的现代化建设，古都南京的历史风貌已经不如苏州、平遥等完整，但部分地区的历史格局和风貌保存仍然较为完整，为此《条例》分别划定城南、明故宫、鼓楼—清凉山等3片历史城区。此外，还划定了南唐、明朝和民国三条历史轴线，即中华路，御道街，中山路。对道路尺度、线形、断面形式以及两侧新建建筑的建设要求等均作出了规定。
四是加强了历史建筑的保护。在与上位法保持一致的基础上，明确了历史建筑的拆除、迁移、翻建和修缮的审批主体、权限和程序，明确了历史建筑所有人或使用人的权利、义务，建立了历史建筑的修缮费用补贴制度，并对在历史建筑上设置户外广告、店招、标志等作出了限制。
