在当代中国,邓小平理论是当代中国的马克思主义旗帜的核心，他是马克思列宁主义的基本原理同当代中国实践和时代特征相结合的产物，是毛泽东思想在新的历史条件下的继承和发展，是中国共产党集体智慧的结晶。十年动乱结束,中国面临向何处去的重大历史关头。邓小平复出后面对当时党内的思想僵化和理论混乱,他抓的头等大事就是高举毛泽东思想伟大旗帜,坚定地捍卫毛泽东思想的科学性和纯洁性。他深刻揭露了当时党内主要领导人提出的"两个凡是"观点的形似高举实则背离毛泽东思想旗帜的实质,响亮地提出"‘两个凡是’不符合马克思主义"的科学论断。深入思考了“什么是社会主义，怎样建设社会主义”的问题，并且在党的十三大上制定了党在社会主义初级阶段的“一个中心、两个基本点”的基本路线。在那时，只有只有高举邓小平理论伟大旗帜,紧紧抓住和深入领会实事求是的思想路线，不断推进思想解放;紧紧抓住和深入领会关于社会主义本质的科学论断，贯彻执行“一个中心、两个基本点”的基本路线;紧紧抓住和深入领会社会主义初级阶段的理论，努力完成分“三步走”基本实现现代化的战略任务;紧紧抓住和深入领会“两手抓，两手都要硬”的基本方针，推动社会经济的全面发展等。才能保证我国沿着有中国特色社会主义道路胜利前进，新中国的继续壮大。当然，新时期20年的伟大实践表明,邓小平理论的旗帜是胜利的旗帜,是中国繁荣昌盛的根本。她带领中国步入了一个新的时期，是中国走上了历史的舞台，人民的生活水平再次提高。

在此之后，科学的旗帜是中国再次推进发展的另一面旗帜。江泽民继承和发展了邓小平关于“科学是第一生产力”的思想，面对科技进步与社会发展的新形式，进一步提出，科学是第一生产力，而且是先进生产力的集中表现和主要标志。发展的优势蕴藏于知识和科技之中，科技进步和创新是发展生产力的决定因素，强调迎接当今世界科学技术突飞猛进和知识经济迅速兴起的挑战，最重要的是坚持创新。科学的本质是创新，创新的关键是人才，人才的成长靠教育。人才资源是科技创新的关键，是第一资源。科技技术实力和国民教育水平，始终是衡量综合国力和社会文明程度的重要标志，也是每个国家走向繁荣昌盛的不可缺少的飞轮。所以高举科学的旗帜，重视国民教育，重视新一代的培养是至关重要的。科学是是国力上升的基础。