事实上，目前事业单位制定岗位绩效工资制度只是改革迈出的一步，更艰难的改革，是在不同地区、行业间以及不同资金来源的事业单位间，找到一种相对公平的收入分配方式。
苏海南指出，该条例仅是就法律层面作出了规范，事业单位的工资制度改革涉及多个方面，法律规范的落实要有个过程，随着事业单位人员的招聘配置、培训考核等政策得到逐步落实，工资制度等改革才可望看到好的结果。
吴江就此讲到，工资增长机制出台后，事业单位的工资调整将不再由机关规定，而是由市场来决定，随着社会平均工资的调整，物价的变化，事业单位人员的工资可能增长，也可能面临着下调的风险。
