《中国大学评价》课题组同时完成了理学、工学、农学、医学、哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、管理学等十一个学科门类的排名。清华大学获得工学第一名，北京大学获得理学、医学、哲学、法学、文学第一名，中国农业大学获得农学第一名，中国人民大学获得经济学第一名，北京师范大学获得教育学、历史学第一名，西安交通大学获得管理学第一名。
课题组也对中国大学300个本科专业进行了排名，北京大学、清华大学的本科专业第一名数量大幅领先其他大学。
2006中国大学排行榜的全部内容见武书连主编、中国统计出版社出版的《挑大学 选专业-2006高考志愿填报指南》。
